Theo đó, Tòa đã tuyên án phạt ba bị cáo: Trần Khắc Hiệp (nguyên Trưởng Ban Quản lý dự án Nghi Sơn) và Lê Xuân Hoàng (nguyên Kế toán trưởng, Trưởng Phòng Tài chính kế toán, Ban Quản lý dự án Nghi Sơn) cùng lĩnh 4 năm tù, Nguyễn Mạnh Tấn (nguyên nhân viên Phòng Tài chính kế toán, Ban Quản lý dự án Nghi Sơn) lĩnh 2 năm tù cùng về tội “Lập quỹ trái phép” theo quy định tại Điều 205 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Về dân sự, Hội đồng xét xử tuyên buộc bị cáo Trần Khắc Hiệp phải có trách nhiệm bồi thường 10 tỷ đồng, bị cáo Lê Xuân Hoàng phải bồi thường hơn 9,2 tỷ đồng cho PVN. Hội đồng xét xử xác nhận trước khi vụ án ra xét xử, bị cáo Hiệp đã nộp bồi thường 7,4 tỷ đồng, bị cáo Hoàng đã nộp hơn 200 triệu đồng.
Bản án sơ thẩm nhận định, hành vi của các bị cáo là rất nghiêm trọng, vi phạm các quy định về quản lý kinh tế, gây thiệt hại cho Nhà nước... Trong đó, bị cáo Trần Khắc Hiệp là người chỉ đạo, trực tiếp ký 66 Hợp đồng tiền gửi có kỳ hạn với MB Thanh Hóa và 13 Văn bản thỏa thuận gửi tiền với OceanBank Thanh Hóa, nên bị cáo Hiệp giữ vai trò chính trong vụ án. Tuy nhiên, bị cáo Hiệp đã có ý thức tự nguyện bồi thường thiệt hại với số tiền lớn, bị cáo phạm tội lần đầu, khai báo thành khẩn, có nhiều thành tích trong công tác… Do vậy, Hội đồng xét xử quyết định giảm nhẹ một phần hình phạt cho bị cáo Hiệp.
Bị cáo Lê Xuân Hoàng bị Hội đồng xét xử đánh giá là đã có hành vi bàn bạc, thống nhất với Trần Khắc Hiệp sử dụng 1.550 tỷ đồng do Công ty Trách nhiệm hữu hạn Lọc hóa dầu Nghi Sơn thanh toán và 50 tỷ đồng do PVN cấp để gửi có kỳ hạn tại MB Thanh Hóa và OceanBank Thanh Hóa lấy tổng số tiền lãi là hơn 19,2 tỷ đồng để chi tiêu, gây thiệt hại cho PVN.
Đối với bị cáo Nguyễn Mạnh Tấn, Hội đồng xét xử xác định không được bàn bạc nhưng đã tiếp nhận ý chí từ cấp trên trong việc thực hiện hành vi vi phạm. Tấn là nhân viên kế toán có nhiệm vụ theo dõi các khoản từ ngân hàng, trực tiếp nhận hơn 6 tỷ đồng tiền lãi rồi quản lý theo chỉ đạo của Hiệp và Hoàng nên vai trò của Tấn trong vụ án này là đồng phạm tham gia giúp sức. Vì vậy, Hội đồng xét xử không chấp nhận việc kêu oan của bị cáo Tấn cũng như quan điểm bào chữa của luật sư.
Với ông Tôn Anh Thi, Hội đồng xét xử cho rằng, ông Thi có hành vi lập quỹ trái phép nhưng quá trình điều tra xác định, ông Thi đã dùng 813 triệu đồng để chi cho hai gia đình nạn nhân bị thiệt mạng khi giải phóng mặt bằng theo yêu cầu của chính quyền tỉnh Thanh Hóa. PVN xác nhận ông Thi có báo cáo phù hợp với quy chế.
Mặt khác, toàn bộ tiền lãi hơn 1 tỷ đồng từ 15 hợp đồng tiền gửi do ông Thi ký đã được ông này nộp khắc phục toàn bộ, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đã có quyết định đình chỉ bị can đối với ông Tôn Anh Thi. Do vậy, Hội đồng xét xử không xem xét trách nhiệm của ông này.
