Theo Đại tá Lê Mạnh Hùng, ngay sau khi xảy ra tai nạn, Giám đốc Công an tỉnh Đồng Nai Nguyễn Hồng Phong cùng lãnh đạo các đơn vị nghiệp vụ và Công an thành phố Biên Hòa đã có mặt tại hiện trường, chỉ đạo khắc phục hậu quả và điều tra làm rõ nguyên nhân.
Nguyên nhân ban đầu của vụ tai nạn được xác định là do lái xe ô tô bán tải Võ Văn Khải (49 tuổi), khi di chuyển đến khu vực giao nhau giữa đường Phạm Văn Thuận và đường sắt đã không tập trung chú ý quan sát, không biết có tàu lửa đang tới nên điều khiểu xe chuyển hướng rẽ trái đi qua đường sắt. Khi phát hiện tài hỏa đang tới thì lái xe đã hoảng loạn đạp phanh, dẫn đến bị tàu hỏa đân trực diện vào bên hông xe ô tô, gây ra tai nạn.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Biên Hòa đã khởi tố vụ án hình sự về vi phạm quy định về tham gia giao thông đường bộ, tại khoản 2, Điều 260 Bộ Luật hình sự. Đồng thời, đang xém xét để khởi tố bị can đối với lái xe ô tô để xử lý theo quy định của pháp luật.
Ngay sau vụ tai nạn, Công ty cổ phần Đường sắt Sài Gòn đã lắp đặt và đưa vào sử dụng barrier chắn giữa 2 đường khu dân cư thuộc khu phố 3, phường Tân Tiến (thành phố Biên Hòa) với đường sắt (Km 1696+458 thuộc tuyến đường sắt Bắc - Nam, đoạn giao với đường Phạm Văn Thuận), vị trí xảy ra tai nạn giao thông tối 28/7.
Công an tỉnh Đồng Nai phối hợp Ban An toàn giao thông tỉnh và các đơn vị liên quan tiến hành kiểm tra, rà soát điểm giao giữa đường sắt với đường bộ tại những huyện, thành phố có tuyến đường sắt Bắc - Nam đi qua.
Trước đó, phóng viên TTXVN đưa tin, khoảng 20 giờ 40 phút ngày 28/7, tàu hỏa SNT5 do lái tàu Đ.H.H. (33 tuổi, ngụ tỉnh Thanh Hóa) điều khiển, lưu thông theo hướng Bắc - Nam (thành phố Long Khánh đi thành phố Biên Hòa). Khi tới vị trí đường ngang Km1696 + 458 (giao cắt giữa đường sắt và đường Phạm Văn Thuận) thì va chạm với xe bán tải 60C- 597.05 do ông Võ Văn Khải điều khiển.
Trên xe ô tô lúc này có 4 người là ông Võ Văn Khải, chị Mai Phú Phương (42 tuổi), cháu N.V.N. (13 tuổi) và bà Nguyễn Thị Út (55 tuổi). Do bị tàu hỏa đâm mạnh nên nên xe bán tải văng vào xe rác ngay trước vị trí cổng chào hẻm 1613 và 1615 (khu phố 3, phường Thống Nhất). Hậu quả của vụ va chạm khiến anh L.M.T. (23 tuổi, ở Bình Dương, nhân viên gom rác) và cháu N.V.N. (13 tuổi, ngụ thành phố Biên Hòa) tử vong tại chỗ. Ba người còn lại trên xe bán tải đã được người dân đưa đi cấp cứu.