Đây là công trình do Tiến sĩ Nguyễn Việt, Giám đốc Tiền sử Đông Nam Á xây dựng và lấy tên Giáo sư Phạm Huy Thông, người đã dẫn dắt ông vào con đường nghiên cứu khoa học khảo cổ, đặt tên cho bảo tàng.
Bảo tàng Phạm Huy Thông lưu giữ và trưng bày các hiện vật quý như các cọc gỗ Bạch Đằng, nhiều loại đồ gốm sứ, đồ đá, đồ gốm, trống đồng, bộ kiếm thời Hùng Vương, bản phục chế mặt người thời kỳ văn hóa Đông Sơn... Thăm các phòng trưng bày, người ta có cảm nhận sinh động về cuộc sống của người Việt hàng ngàn năm được lưu giữ lại qua các trầm tích thời gian.
Đặc biệt, bảo tàng hiện đang trưng bày 22 chiếc thuyền độc mộc cổ. Theo Tiến sĩ Nguyễn Việt, đây là các thuyền trung tâm của ông đã tìm kiếm, thu gom, trục vớt dọc sông Kinh Thày - Hải Dương trong ba năm 2016-2018. Một công việc khó khăn và tốn kém.
Tiến sĩ Nguyễn Việt cho biết: Trung tâm đã được gửi mẫu 12 thuyền đi giám định gỗ và định tuổi bằng phương pháp carbon phóng xạ (C14) tại Úc, Đức và Pháp. Kết quả cho thấy: Duy nhất một thuyền niên đại 400 năm, 6 thuyền có niên đại Đông Sơn (2.000-2.400 năm), số còn lại từ 1.200 đến 800 năm.
Tại bảo tàng Phạm Huy Thông, 6 thuyền đang được trưng bày trên cạn. 16 thuyền đang được ngâm bảo quản trong môi trường nước.
Theo Tiến sĩ Nguyễn Việt, trong năm 2018, ông đã cùng giáo sư người Úc P. Bellwood tiến hành đo vẽ, lấy mẫu, đánh số từng thuyền, khởi xướng một chương trình nghiên cứu quốc tế về những con thuyền này.
Một số báo cáo khoa học đã được xây dựng và trình bày tại các hội nghị khoa học chuyên ngành trong và ngoài nước. Một bài báo nghiên cứu tổng hợp về thuyền Đông Sơn đang hoàn tất. Những năm tới Trung tâm sẽ tiến hành bảo quản, phục dựng các con thuyền này.
Được biết, cũng năm 2017, Tiến sĩ Nguyễn Việt đã tiến hành đóng mới một chiếc thuyền buồm cánh dơi, loại thuyền đã ngừng đóng tại Việt Nam để tìm hiểu về kỹ thuật đóng và điều khiển một phương tiện giao thông tiêu biểu của vùng sông nước Bắc Bộ từ xa xưa.
Ông và các cộng sự đã lưu trữ toàn bộ tư liệu về kỹ thuật, kỹ năng, nhân công, nguyên vật liệu truyền thống để đóng loại thuyền này (Gồm 400 giờ camera và khoảng 800 hình ảnh tư liệu).
Công trình này đã giúp giữ lại kỹ năng đóng loại thuyền buồm cánh dơi khi những lớp thợ cả cuối cùng đã cao tuổi. Qua đó, góp phần vào công việc nghiên cứu và tôn vinh lịch sử tàu thuyền và truyền thống làm kinh tế biển của Việt Nam.
Đây được coi như chiếc thuyền buồm cánh dơi cuối cùng ở Việt Nam. Chiếc thuyền này đã được đăng kiểm, có biển số lưu hành và thực hành vận tải từ đầu 2018 đến nay.
