Một trong những thay đổi là việc bong bóng kinh tế vỡ và những thập niên mất mát với sự trì trệ của nền kinh tế. "Nền kinh tế bong bóng" của Nhật Bản chứng kiến giá tài sản tăng vọt khi ông Akihito kế vị. Chỉ số chứng khoán Nikkei 225 đạt mức kỷ lục 38.957,44 điểm vào ngày 29/12/1989, nhưng bắt đầu giảm vào năm 1990. Giá đất cũng giảm theo. Bong bóng vỡ đã đưa đến các vụ phá sản, trong đó có sự sụp đổ vào tháng 11/1997 của Yamaichi Securities, công ty nằm trong nhóm bốn công ty giao dịch chứng khoán hàng đầu nước này.
Nền kinh tế Nhật Bản cũng trải qua những thập niên mất mát với sự trì trệ về kinh tế. Nhật Bản đã để mất vị trí nền kinh tế lớn thứ hai thế giới vào tay Trung Quốc vào năm 2010. Thủ tướng Nhật Bản Shinzo Abe lên nắm quyền vào tháng 12/2012 với cam kết hồi sinh nền kinh tế thông qua chính sách được gọi là "Abenomics" nhằm thúc đẩy tăng trưởng, nhưng sự bền vững của tăng trưởng kinh tế vẫn là điều gây hoài nghi.
Một thay đổi nữa là Nhật Bản đứng trước tình trạng dân số già hóa và suy giảm trong kỷ nguyên Heisei. Các nhà nhân khẩu học dự báo dân số của nước này đã giảm ngay cả trước khi ông Akihito kế vị. Sự giảm sút này trở thành một thực tế khi dân số đạt đỉnh 128 triệu người vào năm 2010, trước khi giảm xuống 126,4 triệu người vào tháng 10/2018 và sự giảm sút này sẽ còn lớn hơn nếu không có sự gia tăng của người nước ngoài tại Nhật Bản. Số liệu công bố tháng Tư năm nay cho thấy 28,1% dân số Nhật Bản ở độ tuổi 65 trở lên và chưa đến 60% dân số trong độ tuổi lao động. Sự thiếu hụt lao động chưa từng có đã khiến Nhật Bản phải ban hành hệ thống thị thực mới có hiệu lực vào tháng này, cho phép thêm nhiều lao động có trình độ đến nước này làm việc.
Một trong những điều phải kể đến trong ba thập niên trị vì của Nhật hoàng Akihito là nước Nhật đã hứng chịu những thảm họa, cả thiên nhiên và do con người, trong kỷ nguyên Heisei. Trận động đất mạnh 7,3 độ Richter đã xảy ra ở miền Trung Nhật Bản vào ngày 15/1/1995, phá hủy cảng Kobe và khiến hơn 6.400 người thiệt mạng.
Chỉ hai tháng sau, các tín đồ của giáo phái Aum Shinrikyo đã tiến hành một cuộc tấn công bằng khí độc sarin trên tàu điện ngầm ở Tokyo vào ngày 20/3/1995, khiến 13 người chết, ít nhất 5.800 người bị thương và làm tiêu tan hình ảnh về sự an toàn nơi công cộng của nước này. Trận động đất mạnh 9 độ Richter đã diễn ra ở phía Đông Bắc của Nhật Bản vào ngày 11/3/2011, gây ra sóng thần, khiến gần 20.000 người thiệt mạng và làm rò rỉ phóng xạ ở nhà máy điện hạt nhân Fukushima Daiichi. Cho đến nay, nhiều người vẫn sống trong những ngôi nhà tạm.
