Theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, việc xác định thuế mặt hàng quặng sắt phải tính cả thuế xuất khẩu là chi phí để cộng vào trị giá hải quan. Do vậy, các doanh nghiệp cho rằng giá tính thuế theo công thức bao gồm cả thuế xuất khẩu thì thuế suất của mặt hàng quặng sắt mà doanh nghiệp phải nộp sẽ là 56%, tăng thêm 16% so với thuế suất theo quy định mặt hàng quặng sắt là 40%. Đây là lý do chính các doanh nghiệp “cự tuyệt” việc nộp thuế truy thu xuất khẩu khoáng sản qua cửa khẩu Lào Cai.
Trước đó, kiểm toán khu vực VII, thuộc Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị truy thu thuế xuất khẩu khoáng sản qua địa bàn Lào Cai của các doanh nghiệp là 456 tỷ đồng. Đến ngày 25/12, đã có 3 doanh nghiệp là Công ty THHH và khoáng sản luyện kim Việt Trung, Công ty TNHH thương mại Hoàng Lan và Công ty cổ phần Đầu tư thương mại xuất nhập khẩu Việt Phát nộp tổng số tiền là 232,4 tỷ đồng và nộp tiền chậm nộp thuế là 29,6 tỷ đồng.
Số tiền còn phải truy thu là 223,3 tỷ đồng của 8 doanh nghiệp gồm: Công ty TNHH xây dựng Lan Anh, Công ty phát triển số 1, Công ty cổ phần khai khoáng Minh Đức, Công ty cổ phần khai thác chế biến khoáng sản Lào Cai, Công ty TNHH Thủy Linh, Công ty TNHH Ngọc Sơn, Công ty cổ phần thương mại xây dựng Hoàng Gia Lào Cai và Công ty TNHH thương mại Quang Đăng. Riêng hai công ty TNHH Hương Hiếu và Công ty TNHH Thịnh Phú đã nộp đủ thuế xuất khẩu khoáng sản theo quy định nên không bị truy thu.
Trước đó, trong tháng 4/2019, Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan cũng đã có văn bản yêu cầu Cục Hải quan Lào Cai ban hành kết luận kiểm tra theo hướng ấn định số thuế xuất khẩu các doanh nghiệp phải nộp bổ sung theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước.
Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp không chấp thuận thực hiện các văn bản của Bộ tài Chính và Tổng cục Hải quan vì cho rằng phương án kinh doanh từ năm 2015 tới 2018 đã thực hiện xong, kết quả sản xuất kinh doanh đã được hạch toán theo thực tế, các doanh nghiệp đã kê khai và nộp thuế theo đúng hướng dẫn của cơ quan chức năng.
Nếu thực hiện truy thu số thuế theo văn bản chỉ đạo của Tổng cục Hải quan thì tổng số tiền 13 doanh nghiệp phải nộp bổ sung rất lớn, lên tới hơn 400 tỷ đồng, chưa bao gồm tiền chậm nộp, tiền phạt hành chính.
