Mặc dù vậy, JMA cảnh báo mưa lớn với lượng mưa hơn 50 mm/giờ vẫn có thể xảy ra ở khu vực phía Đông và phía Bắc Nhật Bản trong ngày 20/9. Lượng mưa đo được trong 24 giờ tới sáng 21/9 có thể lên tới 120 mm ở khu vực Kanto-Koshin, 100 mm ở các khu vực Tokai và Tohoku, và 80 mm ở các tỉnh Hokkaido và Niigata.
Bên cạnh đó, gió mạnh có thể kéo dài thêm một vài giờ, chủ yếu ở các khu vực ven biển, với tốc độ gió lên tới 126 km/h ở các khu vực Hokuriku, Niigata, Tohoku, Kanto-Koshin và Hokkaido.
Trước đó, ngày 19/9, bão Nanmadol đã đổ bộ vào phía Nam đảo Kyushu, sau đó di chuyển theo hướng Đông về phía đảo chính Honshu. Vào lúc 6h sáng ngày 20/9, bão Nanmadol đang di chuyển theo hướng Đông-Đông Bắc gần thành phố Yamagata với tốc độ 55 km/giờ. Nanmadol mang theo mưa lớn và gió giật mạnh đã tàn phá các khu vực Tohoku, Kanto, Tokai và tỉnh Hokkaido.
Theo hãng tin Kyodo, tính tới sáng 20/9, đã có 2 người thiệt mạng và ít nhất 115 người khác ở Nhật Bản bị thương vì cơn bão này. Hàng triệu người ở các khu vực trên phải sơ tán để tránh bão. Nanmadol cũng khiến các hệ thống giao thông đường bộ và đường không ở nhiều khu vực bị đình trệ.
Riêng ngày 20/9, hãng hàng không Japan Airlines (JAL) phải hủy 43 chuyến bay, trong khi All Nippon Airways (ANA) cũng phải hủy 30 chuyến tới và đi từ các khu vực Kyushu, Kansai và một số khu vực khác.
