Kỹ thuật chỉnh sửa gen tân tiến là cách tạo ra các gen đột biến bằng phương pháp như tác động loại bỏ một số đoạn ADN trong gen làm cho gen đó ngừng hoạt động, mà không đưa vào gen mới. Kỹ thuật chỉnh sửa gen này được cho là gần với những đột biến xảy ra trong tự nhiên mà chọn lọc những đặc tính tốt; do đó rất khó để phân biệt thực phẩm sử dụng kỹ thuật chỉnh sửa gen và thực phẩm chọn lọc tự nhiên thông thường. Đây cũng là lý do khiến cho thực phẩm sử dụng phương pháp chỉnh sửa gen này nằm ngoài đối tượng điều chỉnh của luật hiện hành đối với thực phẩm biến đổi gen, trong đó quy định, Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi xã hội Nhật Bản sẽ phải xác nhận tính an toàn trước khi được cấp phép lưu thông trên thị trường.
Tại hội nghị chuyên môn của Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi xã hội Nhật Bản tổ chức cùng ngày, các chuyên gia đã quyết định sẽ xây dựng khung pháp lý cho phép lưu thông ra thị trường thực phẩm sử dụng kỹ thuật chỉnh sửa gen, sớm nhất là vào mùa Hè tới. Ngoài việc xây dựng khung pháp lý cho vấn đề trên, bộ cũng xây dựng cơ chế trao đổi thông tin với các doanh nghiệp có yêu cầu.
Vấn đề thực phẩm biến đổi gen bằng phương pháp chỉnh sửa gen đang được thảo luận tại nhiều nước. Tại Mỹ không có quy định về việc trồng thực phẩm sử dụng kỹ thuật chỉnh sửa gen, song trên thực tế các loại thực phẩm này đang được trồng, song vẫn chưa được bán ra. Tại châu Âu, tháng 7/2018, toà án đã đưa ra quy định áp dụng cho thực phẩm chỉnh sửa gen giống như thực phẩm biến đổi gen thông thường, việc áp dụng vẫn đang được thảo luận một cách thận trọng. Nếu được cấp phép bán ra trên thị trường vào mùa Hè tới, Nhật Bản sẽ là nước tiên phong chính thức cho lưu thông thực phẩm chỉnh sửa gen.
Tại Nhật Bản, những nghiên cứu tạo ra thực phẩm chỉnh sửa gen vẫn đang tiếp tục. Đại học Tsukuba đã thành công trong việc tạo ra loại cà chua theo phương thức này. Loại cà chua có lượng axit amin gấp 10 lần cà chua thông thường với tên gọi Gaba giúp làm giảm huyết áp. Cơ quan Nghiên cứu tổng hợp kỹ thuật công nghiệp thực phẩm và nông nghiệp Nhật Bản đã phát triển nhiều loại gạo sử dụng kỹ thuật chỉnh sửa gen mang lại năng suất cao. Mùa Xuân năm 2017, các loại gạo này đã được trồng và thu hoạch lần đầu vào mùa Thu cùng năm. Đại học Kinki và Kyoto cũng sử dụng kỹ thuật chỉnh sửa gen để tạo thành công cá Tráp đỏ Nhật Bản có trọng lượng thịt gấp 1,2 lần cá Tráp thông thường.
Dù Nhật Bản quyết định cho phép thực phẩm sử dụng phương pháp chỉnh sửa gen lưu thông ra thị trường, nhưng việc đưa ra giải thích rõ ràng đối với người tiêu dùng vẫn là vấn đề lớn do thực tế rất khó để phân biệt thực phẩm biến đổi gen sử dụng kỹ thuật chỉnh sửa gen và đột biến trong tự nhiên chọn lọc đặc tính tốt. Các thành viên một ủy ban cấp cao thuộc Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi xã hội Nhật Bản đang lên tiếng yêu cầu nghĩa vụ phải thông tin một cách chính xác tới người tiêu dùng những thực phẩm loại này khi lưu thông ra thị trường.
