Theo Điều 23 của Luật Cảnh sát biển Việt Nam về nguyên tắc phối hợp quy định như sau:
1. Việc phối hợp phải trên cơ sở nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, tổ chức, lực lượng chức năng thuộc Bộ, cơ quan ngang Bộ và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh theo quy định của pháp luật; không làm cản trở hoạt động hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân trên biển.
2. Cảnh sát biển Việt Nam và cơ quan, tổ chức, lực lượng chức năng thuộc Bộ, cơ quan ngang Bộ và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trực tiếp phối hợp để giải quyết kịp thời các vụ việc và hỗ trợ nhau thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn do pháp luật quy định.
3. Bảo đảm sự chủ trì, điều hành tập trung, thống nhất, giữ bí mật thông tin về quốc phòng, an ninh và biện pháp nghiệp vụ của cơ quan, tổ chức, lực lượng chức năng trong quá trình phối hợp.
4. Bảo đảm chủ động, linh hoạt, cụ thể và hiệu quả, gắn với trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan chủ trì, phối hợp.
5. Trên cùng một vùng biển, khi phát hiện hành vi vi phạm pháp luật liên quan đến nhiệm vụ, quyền hạn của nhiều cơ quan, tổ chức, lực lượng thì cơ quan, tổ chức, lực lượng nào phát hiện trước phải xử lý theo thẩm quyền do pháp luật quy định; trường hợp vụ việc không thuộc thẩm quyền của mình thì chuyển giao hồ sơ, người, tang vật, tàu thuyền và phương tiện vi phạm pháp luật cho cơ quan, tổ chức, lực lượng có thẩm quyền chủ trì giải quyết. Cơ quan, tổ chức, lực lượng tiếp nhận có trách nhiệm thông báo kết quả điều tra, xử lý cho cơ quan, tổ chức, lực lượng chuyển giao biết.
Tại Kỳ họp thứ 6, Quốc hội khóa XIV, ngày 19/11/2018, Quốc hội đã thông qua Luật Cảnh sát biển Việt Nam và có hiệu lực từ ngày 1/7/2019. Đây là đạo luật có ý nghĩa quan trọng đặc biệt, quy định cụ thể những hoạt động của Cảnh sát biển Việt Nam.
