Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội, năm 2000, UBND xã Mỹ Đình, huyện Từ Liêm (nay là UBND phường Mỹ Đình I, quận Nam Từ Liêm) đã giao thửa đất số 428 có diện tích 551 m2 và thửa đất số 443 có diện tích 763 m2 tại Đội 10 Tân Mỹ (nay là Tổ dân phố số 15 Tân Mỹ, phường Mỹ Đình 1, quận Nam Từ Liêm) cho bà Lưu Thị Cố (sinh năm 1946, trú tại phường Mỹ Đình 1, quận Nam Từ Liêm). Năm 2007, do không có nhu cầu sử dụng, bà Cố đã chuyển nhượng lại toàn bộ diện tích hai thửa đất trên cho Phùng Đức Lợi (khi đó đang là Trưởng Công an xã Mỹ Đình).
Năm 2009, bị cáo Lợi đã chuyển nhượng lại toàn bộ diện tích của hai thửa đất trên cho nhiều người, trong đó ông Nguyễn Văn Duy (sinh năm 1955, trú tại phường Đức Thắng, quận Bắc Từ Liêm) mua lại một mảnh đất thuộc thửa đất số 428. Sau khi mua đất, năm 2012, ông Duy xây dựng căn nhà cấp 4 để cho thuê. Tháng 9/2017, gia đình ông Duy rao bán đất và căn nhà cấp 4 với tổng diện tích 94 m2. Gia đình ông Duy nhờ Phùng Đức Lợi giới thiệu khách mua. Song, lợi dụng điều này, bị cáo Lợi đã mời thừa phát lại lập vi bằng ghi nhận Lợi là chủ sở hữu của diện tích nhà đất trên và bán lại cho người khác để chiếm đoạt, chi tiêu cá nhân.
Cụ thể, Phùng Đức Lợi đã mời thừa phát lại lập Vi bằng số 378/2017/VB-TPLHĐ ngày 8/11/2017 ghi nhận sự kiện Lợi là chủ sở hữu của diện tích nhà, đất nêu trên với mục đích để bán. Vi bằng số 378 có nêu: Nay lập văn bản này để xác nhận hiện ông Lợi đang quản lý, sử dụng diện tích thửa đất 94 m2 và toàn bộ tài sản gắn liền trên thửa đất nêu trên không có tranh chấp. Ông Lợi cam đoan các nội dung xác nhận như trên là đúng.
Tin tưởng vào Vi bằng số 378 này, anh Nguyễn Văn Trung (sinh năm 1981, trú tại phường Phú Đô, quận Nam Từ Liêm) quyết định mua nhà và đất nói trên. Để thực hiện việc mua bán, ngày 2/1/2018, Lợi mời thừa phát lại cùng anh Trung đến để lập Vi bằng số 05/2018/VB-TPLHĐ xác nhận việc Phùng Đức Lợi bán nhà và đất trên cho anh Nguyễn Văn Trung với số tiền 950 triệu đồng.
Ngày 7/6/2018, khi anh Trung dọn đến căn nhà mua của Lợi để ở, ông Nguyễn Văn Duy mới phát hiện ra và làm đơn tố cáo vụ việc tới cơ quan Công an.
Sau khi nhận tiền của anh Trung, Lợi đã chiếm đoạt để chi tiêu cá nhân. Anh Trung yêu cầu Phùng Đức Lợi trả lại cho anh số tiền 950 triệu đồng và tiền lãi theo lãi suất ngân hàng kể từ năm 2018 đến nay.
