Theo đó, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt các bị cáo: Dương Văn Hòa (nguyên Hiệu trưởng) từ 12-13 năm tù; Trần Kim Oanh (nguyên Phó Hiệu trưởng kiêm Phó Viện trưởng Viện Đào tạo liên tục) và Lê Ngọc Hà (nguyên Phó Hiệu trưởng) cùng bị đề nghị từ 9-10 năm tù; các bị cáo còn lại bị đề nghị mức án từ 12 tháng tù treo đến 9 năm tù về cùng tội “Giả mạo trong công tác” theo quy định tại Điều 359 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Ngoài án phạt tù, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Tòa tuyên truy thu nộp ngân sách hơn 7,1 tỷ đồng mà Trường Đại học Đông Đô đã thu lời bất chính từ hành vi làm bằng giả.
Đại diện Viện Kiểm sát đánh giá, các bị cáo trong vụ án đều là những người có trình độ học vấn cao, hiểu biết pháp luật, song vẫn thực hiện hành vi phạm tội vì động cơ vụ lợi. Chủ mưu trong vụ án này là bị can Trần Khắc Hùng (Chủ tịch Hội đồng Quản trị Trường Đại học Đông Đô - người hiện đang bỏ trốn) đã chỉ đạo các bị cáo khác thực hiện hành vi phạm tội. Bị cáo Dương Văn Hòa biết rõ hành vi cấp văn bằng 2 không qua tuyển sinh đào tạo là vi phạm pháp luật, nhưng đã ký 429 văn bằng giả. Do vậy, bị cáo Hòa là đồng phạm giúp sức tích cực của bị can Trần Khắc Hùng.
Công tố viên nhận định, các bị cáo phạm tội thuộc trường hợp nghiêm trọng và đặc biệt nghiêm trọng, xâm phạm các hoạt động hợp pháp của cơ quan tổ chức, gây dư luận xấu, bất bình, mất niềm tin trong xã hội và làm giảm chất lượng đào tạo sau đại học của nói chung. Tuy nhiên, Viện Kiểm sát cũng đề nghị Hội đồng xét xử cân nhắc cho các bị cáo được hưởng các tình tiết giảm nhẹ do phạm tội lần đầu, các bị cáo không được hưởng lợi hoặc đã nộp lại phần tiền hưởng lợi bất chính.
Trong vụ án này, bị can Hùng chỉ đạo bị cáo Hòa ký ban hành các quy định về mức thu học phí toàn khóa với hệ văn bằng hai ngôn ngữ Anh. Mức tiền từ 29,8 đến 35 triệu đồng/khóa/ học viên. Khi tuyển sinh thấy nhiều người có nhu cầu, cuối năm 2017, bị can Hùng ra chủ trương cấp văn bằng hai chính quy tiếng Anh cho người muốn lấy bằng mà không phải thi tuyển, không học theo đúng quy định.
Tổng cộng, từ tháng 4/2018 đến 3/2019, Trường Đại học Đông Đô đã cấp 429 văn bằng và hai giấy chứng nhận giả, thu hơn 7 tỷ đồng. Trong 210 người được cấp bằng giả, 67 người dùng làm nghiên cứu sinh, 9 người để dùng để học thạc sĩ, nộp thi ngạch công chức, thi thăng hạng viên chức...
Trong phần xét hỏi trước đó, các bị cáo đều thừa nhận hành vi phạm tội, song phạm tội dưới điều kiện khách quan, bị chi phối bởi sự điều hành, chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng quản trị Trần Khắc Hùng, vì nếu không làm sẽ bị đuổi việc. Mặc dù các bị cáo nhận thức rõ chủ trương cấp văn bằng 2 không qua tuyển sinh, đào tạo, thi cử, là trái pháp luật, song được bị can Hùng trấn an "chỉ vi phạm hành chính bình thường, đã tham khảo luật sư, không sao", nên các bị cáo tiếp tục thực hiện.
Sau khi đại diện Viện Kiểm sát trình bày bản luận tội, các bị cáo, các luật sư bào chữa đã đưa ra nhiều luận điểm, luận cứ nhằm giảm nhẹ mức độ hành vi vi phạm cho các bị cáo.
