Hội đồng xét xử gồm 5 người: 2 thẩm phán, 3 hội thẩm nhân dân, do thẩm phán Lưu Ngọc Cảnh (Phó Chánh Tòa Hình sự, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội) làm chủ tọa. Hai kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao và một kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội được phân công thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử sơ thẩm tại phiên tòa.
Trong vụ án này, bị cáo Nguyễn Đức Thái (sinh năm 1962, cựu Chủ tịch Hội đồng thành viên Nhà xuất bản Giáo dục) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội "Nhận hối lộ" theo quy định tại Điều 354, khoản 4, điểm a, b - Bộ luật Hình sự. Các bị cáo Tô Mỹ Ngọc (sinh năm 1980, cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Phùng Vĩnh Hưng, Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Giám đốc kinh doanh Công ty CP) và Nguyễn Trí Minh (sinh năm 1975, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Giấy Minh Cường Phát) cùng bị truy tố về tội "Đưa hối lộ" theo quy định tại Điều 364, khoản 4 - Bộ luật Hình sự.
Năm bị cáo khác là các cựu lãnh đạo, nhân viên Nhà xuất bản Giáo dục gồm: Nguyễn Thị Thanh Thủy (sinh năm 1967, cựu Trưởng Ban Kế hoạch Maketing), Đinh Quốc Khánh (sinh năm 1970, Phó Trưởng Phòng in, Phát hành Nhà xuất bản Giáo dục Hà Nội - thời điểm phạm tội đang làm việc tại Nhà xuất bản Giáo dục), Phạm Gia Thạch (sinh năm 1971, thành viên Hội đồng thành viên), Hoàng Lê Bách (sinh năm 1966) và Lê Hoàng Hải (sinh năm 1969, đều là Phó Tổng Giám đốc) đều bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 222, khoản 3 - Bộ luật Hình sự.
Theo cáo trạng, Nhà xuất bản Giáo dục do Nhà nước sở hữu 100%, có các ngành nghề kinh doanh gồm: Tổ chức biên soạn, biên tập, xuất bản, in và phát hành các loại sách giáo dục… phục vụ giảng dạy và học tập cho các ngành học, bậc học thuộc hệ thống giáo dục quốc dân trong cả nước. Nguyễn Đức Thái là Chủ tịch Hội đồng thành viên, người đại diện trước pháp luật.
Nhà xuất bản Giáo dục có hoạt động thường xuyên là mua giấy in sách giáo dục, sử dụng nguồn vốn sản xuất kinh doanh. Trước năm 2017, Nhà xuất bản Giáo dục đều áp dụng hình thức "chào giá" khi mua giấy in sách và không thuộc trường hợp bắt buộc thực hiện theo các hình thức của Luật Đấu thầu nên có thể tự ban hành quy định riêng về hoạt động mua sắm, áp dụng thống nhất trong doanh nghiệp.
Từ năm 2017, Nguyễn Đức Thái được bổ nhiệm là Chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm đại diện pháp luật của Nhà xuất bản Giáo dục, có quyền quyết định trong việc mua sắm giấy in phục vụ in sách giáo dục. Theo đề nghị của Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh, bị cáo Nguyễn Đức Thái đã chỉ đạo thực hiện việc đấu thầu giấy in sai quy định.
Theo đó, Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh lựa chọn mua sắm giấy in theo phương thức chào hàng cạnh tranh rút gọn, trái quy định của Luật Đấu thầu để hạn chế sự tham gia của các nhà thầu có năng lực. Đồng thời tiết lộ thông tin trước khi phát hành hồ sơ yêu cầu, thông đồng và hợp thức hóa thủ tục đấu thầu để tạo điều kiện cho Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Công ty Minh Cường Phát được cung cấp giấy in cho Nhà xuất bản Giáo dục. Trong quá trình thực hiện các gói thầu, Nguyễn Đức Thái đã nhận hối lộ của hai nhà thầu Phùng Vĩnh Hưng và Minh Cường Phát, với tổng số tiền 24,9 tỷ đồng.
Từ năm 2018 đến năm 2021, các công ty của Ngọc tham gia và trúng 10 gói thầu, tổng trị giá 1.593 tỷ đồng. Sau khi được Thái giúp đỡ, trúng thầu và ký hợp đồng, Ngọc đều đặn đưa 4 tỷ đồng một năm để cảm ơn Thái. Trong 4 năm liền, cách thức đưa tiền đều giống nhau, thường vào các dịp cuối năm hoặc đầu năm, Ngọc tự chuẩn bị số tiền 4 tỷ đồng, đựng trong túi đựng quà Tết, mang đến phòng làm việc của Thái rồi để lại. Ngoài ra, vào dịp Tết Nguyên đán từ năm 2018 - 2022, Ngọc đều đặn cảm ơn Thái số tiền 200 triệu đồng một năm, tổng số tiền là 1 tỷ đồng. Cơ quan điều tra xác định, bị cáo Thái nhận hối lộ từ Ngọc 20 tỷ đồng và giúp nhóm công ty của Ngọc trúng 13 gói thầu, tổng trị giá hơn 2.100 tỷ đồng.
Cáo trạng xác định, năm 2017, Nguyễn Trí Minh cũng đến gặp Thái và tự giới thiệu là đối tác cung cấp giấy nhiều năm cho Nhà xuất bản Giáo dục. Minh đề nghị và được Thái đồng ý tạo điều kiện cho Công ty Minh Cường Phát được tiếp tục cung cấp giấy cho Nhà xuất bản Giáo dục. Sau đó, Công ty Minh Cường Phát được đưa vào danh sách ngắn, được tham dự và trúng một gói thầu. Đổi lại, Minh biếu Thái 400 triệu đồng. Để được trúng các gói thầu tiếp theo, bị cáo Minh còn nhiều lần đưa hối lộ cho bị cáo Thái với tổng số tiền hơn 4 tỷ đồng. Nhờ vậy, Công ty Minh Cường Phát được trúng 5 gói thầu của Nhà xuất bản Giáo dục, tổng trị giá hơn 200 tỷ đồng.
