Những cáo buộc trên được đưa ra sau gần 18 năm kể từ khi 3 đối tượng trên bị bắt giữ tại Thái Lan và mỗi đối tượng đã bị giam giữ trong hơn 14 năm tại nhà tù quân đội Mỹ tại vịnh Guantanamo, Cuba. Theo hồ sơ từ nhà tù Guantanamo, đối tượng Riduan Isamuddin, quốc tịch Indonesia, được biết đến với tên gọi Hambali, là thủ lĩnh nhóm khủng bố hồi giáo cực đoan Jemaah Islamiyah (JI) - một nhánh "chân rết" của tổ chức khủng bố quốc tế Al-Qaeda ở Đông Nam Á. Các đối tượng còn lại là Mohammed Nazir Bin Lep và Mohammed Farik Bin Amin, quốc tịch Malaysia, được Al-Qaeda huấn luyện, là những trợ thủ thân cận của Hambali trong nhóm JI.
Tuyên bố của Lầu Năm Góc nêu rõ các đối tượng trên vi phạm Luật Chiến tranh với các hành vi gồm cố ý giết người, giết người không thành, cố ý gây thương tích, khủng bố, tấn công dân thường, tấn công vào các cơ sở dân sự, phá hủy tài sản.
JI là một trong những tổ chức khủng bố lâu đời nhất ở Indonesia. Ngày 12/10/2002, nhóm này đã thực hiện 3 vụ đánh bom khủng bố, làm xáo trộn sự yên bình của thị trấn Kuta trên đảo Bali - địa điểm thu hút khách du lịch hàng đầu Đông Nam Á. Các vụ đánh bom đã làm 202 người chết, trong số này có 88 người Australia, 38 người Indonesia và khách du lịch từ hơn 20 quốc gia khác. Ngoài ra, hơn 200 người đã bị thương, trong đó đa số là bỏng nặng. Tiếp đó, nhóm này cũng đã thực hiện vụ tấn công nhằm vào khách sạn Marriot JM ở Jakarta ngày 5/8/2003 làm 12 người thiệt mạng và nhiều người khác bị thương.
