Ngày 26/12, Đại sứ quán Mỹ tại Manila đã đăng tải nội dung cảnh báo của Bộ An ninh Nội địa Mỹ trên trang thông tin điện tử của cơ quan ngoại giao này, theo đó yêu cầu các công dân Mỹ đề cao cảnh giác khi đến và đi từ sân bay quốc tế Ninoy Aquino. Cảnh báo trên được đưa ra dựa trên đánh giá của các chuyên gia an ninh thuộc Cục an toàn giao thông (TSA) thuộc Bộ An ninh Nội địa Mỹ. Tuy nhiên, Bộ An ninh Nội địa Mỹ không đưa ra nội dung đánh giá cụ thể.
Cùng với cảnh báo trên, Bộ An ninh Nội địa Mỹ đã đưa ra quy định các hãng hàng không khi xuất vé máy bay cho hành khách đi lại giữa Mỹ và Philiipines, cần cung cấp thông tin cảnh báo nêu trên. Bộ này cho biết các đại diện của TSA đang làm việc với giới chức Philippines để hỗ trợ cơ quan chức năng nước này cải tổ hệ thống an ninh sân bay này để từng bước đạt tiêu chuẩn quốc tế.
Trong khi đó, Tổng giám đốc điều hành sân bay Ninoy Aquino, Ed Monreal khẳng định Philippines luôn tuân thủ quy định an ninh của ICAO, đồng thời đã thuê thêm lực lượng bảo vệ sân bay và sử dụng máy soi kiểm tra an ninh theo khuyến cáo của ICAO.
Ninoy Aquino là sân bay quốc tế chính của Philippines. Tuy nhiên, trang thông tin đánh giá chất lượng các sân bay thế giới "The Guide to Sleeping in Airports" từ năm 2011 đến năm 2013, từng liệt sân bay Ninoy Aquino vào danh sách các sân bay có chất lượng kém nhất thế giới do cơ sở hạ tầng xuống cấp, thường xuyên thiếu giấy vệ sinh, trễ chuyến cùng với biểu hiện tiêu cực của nhân viên hải quan. Đánh giá này đã buộc Chính phủ Philippines xúc tiến cải thiện chất lượng sân bay.
Năm 2013, một vụ nổ súng đã xảy ra bên ngoài sân bay này, khiến 4 người thiệt mạng. Các nghị sĩ Philippines sau đó đã chỉ trích việc để xảy ra vụ tấn công này là do thiếu camera giám sát an ninh tại khu vực này.
