Theo cáo trạng, từ ngày 19/7/2017 đến 25/9/2017, Duy là chủ sở hữu, trực tiếp chỉ đạo điều hành các hoạt động của Công ty Trách nhiệm hữu hạn thương mại, sản xuất dịch vụ Đại Tài (Công ty Đại Tài), đã chỉ đạo Vũ Trần Hương Thủy, Trần Tuấn An là những người được Duy nhờ đứng tên giám đốc của công ty ký mở 5 tờ khai hải quan tại Chi cục Hải quan Chơn Thành (Cục Hải quan Bình Phước) để nhập khẩu theo loại hình nhập nguyên liệu sản xuất hàng xuất khẩu, tổng số hơn 920 tấn hạt điều chưa bóc vỏ của Công ty Kothari (Singapore), trị giá trên 41,7 tỉ đồng, được miễn thuế nhập khẩu 5%, tương đương hơn 2,08 tỉ đồng.
Tuy nhiên, sau khi nhập khẩu, Duy không tổ chức sản xuất để xuất khẩu, chưa kê khai tờ khai hải quan để chuyển đổi loại hình nhập khẩu mà đem tiêu thụ nội địa toàn bộ số hạt điều trên. Hành vi này vi phạm quy định của Bộ Tài chính, làm thất thu 2,08 tỉ đồng tiền thuế nhập khẩu của nhà nước.
Ngày 23/12/2020, Vũ Trần Đức Duy bị Cơ quan điều tra Công an tỉnh Bình Phước khởi tố bị can, bắt tạm giam để phục vụ công tác điều tra.
Cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Bình Phước đã truy tố bị cáo Vũ Trần Đức Duy phạm vào tội "Buôn lậu" theo quy định tại điểm a, khoản 4, Điều 188 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017 với khung hình phạt từ 12 đến 13 năm tù giam, đồng thời truy thu ngân sách hơn 15 tỉ đồng (bị cáo Duy đã khắc phục 2,08 tỉ đồng).
Tại phiên tòa, Hội đồng xét xử nhận định hành vi của Duy được quy định tại khoản 3, Điều 200, Bộ luật Hình sự quy định về tội "Trốn thuế". Hội đồng xét xử đã tuyên phạt bị cáo Vũ Trần Đức Duy 2 tỉ đồng về tội "Trốn thuế".
