Trong vụ án này, 10 bị cáo bị truy tố về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” theo Khoản 3, Điều 165 Bộ luật Hình sự năm 1999 là Trương Tuấn Dũng, Phan Tiến Diện, Phan Đức Chính, Phan Xuân Khoa, Trần Mạnh Trì, Nguyễn Văn Thanh, Tòng Văn Thành, Lê Quang Duy, Ngô Xuân Vân và Đèo Văn Ban; 3 bị cáo bị truy tố về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” theo Khoản 2, Điều 165 Bộ luật Hình sự năm 1999 là Mai Văn Quang, Bùi Văn Tân, Vũ Hồng Gian; 4 bị cáo bị truy tố về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” theo Khoản 2, Điều 285 Bộ luật Hình sự năm 1999.
Theo cáo trạng, năm 2005, công tác chi tiền bồi thường, hỗ trợ di dời cho các hộ dân trong khu vực Nhà máy thủy điện Sơn La đã hoàn thành. Năm 2013, Chính phủ cho phép bồi thường thêm phần chênh lệch giá trị đất giữa nơi đi và nơi đến tại Khu tái định cư Tân Lập. Năm 2014, UBND tỉnh Sơn La ra Công văn số 617 chỉ đạo UBND huyện Mường La thống kê lại diện tích đất của từng hộ và đề xuất phương án bồi thường, hỗ trợ.
Năm 2014, bị cáo Trương Tuấn Dũng, khi đó là Phó Chủ tịch Thường trực UBND huyện Mường La, kiêm Chủ tịch Hội đồng bồi thường, hỗ trợ tái định cư đã ký ban hành Kế hoạch số 41 để thực hiện đo đạc, lập bản đồ địa chính. Khi triển khai Kế hoạch 41, tại Sơn La xuất hiện nhiều đơn thư vượt cấp, đặc biệt là đơn của Đèo Văn Ban - một cá nhân nằm trong diện được đền bù, gây ảnh hưởng xấu tới an ninh trật tự, buộc Công an phải vào cuộc điều tra. Qua xác minh cho thấy có sai phạm trong việc ban hành Kế hoạch 41 cũng như công tác đo đạc, lập bản đồ bồi thường cho các hộ dân trong đó có hộ Đèo Văn Ban, dẫn tới Đèo Văn Ban được bồi thường sai hơn 1,2 tỷ đồng.
Cơ quan tố tụng xác định, việc bị báo Trương Tuấn Dũng đã ký ban hành và tổ chức thực hiện Kế hoạch số 41 không đúng với các văn bản hướng dẫn, chỉ đạo của UBND tỉnh Sơn La và Bộ Tài nguyên và Môi trường là nguyên nhân trực tiếp dẫn tới sai phạm trong công tác đo đạc, lập bản đồ địa chính, thu hồi đất phục vụ bồi thường, hỗ trợ. Các bị cáo khác dù biết Kế hoạch số 41 trái với các văn bản hướng dẫn, chỉ đạo của UBND tỉnh Sơn La và Bộ Tài nguyên và Môi trường nhưng vẫn thực hiện, dẫn đến việc thất thoát ngân sách Nhà nước số tiền lớn.
Tại phiên tòa, một số luật sư đã đề nghị triệu tập đại diện UBND huyện Mường La, Sở Tài chính, Sở Tài nguyên và Môi trường, Văn phòng Đăng ký đất đai, Ban Quản lý dự án di dân tái định cư cũng như các cá nhân liên quan vắng mặt; đồng thời yêu cầu Hội đồng xét xử phải có biện pháp bảo đảm sự có mặt của những người này để phiên tòa được xét xử khách quan, công khai, toàn diện. Tuy nhiên, Hội đồng xét xử không nhất trí với đề nghị triệu tập những người vắng mặt của các luật sư vì xét thấy sự có mặt của những người này không cần thiết, không ảnh hưởng đến quá trình xét xử vụ án.
Trước đó, ngày 5/6/2019, Tòa án nhân dân tỉnh Sơn La đã công bố quyết định trả hồ sơ vụ án hình sự sơ thẩm đối với các bị cáo với lý do: Qua quá trình xét hỏi, tranh luận tại phiên tòa, Tòa án nhân dân tỉnh Sơn La xét thấy một số tài liệu, văn bản mới xuất trình tại phiên tòa chưa được thu thập hợp pháp; việc giám định chưa phù hợp với quy định của pháp luật; chứng cứ dùng để chứng minh tính chất và mức độ thiệt hại do hành vi phạm tội gây ra cần phải thu thập thêm; có căn cứ cho rằng còn có người khác thực hiện hành vi mà Bộ luật Hình sự quy định là tội phạm liên quan đến vụ án nhưng chưa được khởi tố; việc điều tra, truy tố vi phạm nghiêm trọng về thủ tục tố tụng.
