Quyết định số 541/QĐ-TTg gồm 4 điều. Phạm vi được quy hoạch gồm các thủy vực thuộc vùng nội địa và vùng biển, hải đảo trên lãnh thổ Việt Nam. Đối tượng của quy hoạch là khu bảo tồn biển, khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, khu vực cấm khai thác có thời hạn, khu vực cư trú nhân tạo cho các loài thủy sản; sản lượng khai thác, cơ cấu tàu cá, đối tượng khai thác, lao động, hạ tầng phục vụ khai thác thủy sản…
Phạm vi điều tra, khảo sát ở vùng biển phải bổ sung tại 11 khu vực có tiềm năng thành lập khu bảo tồn biển bao gồm quẩn đảo Long Châu, Hòn Ngư-Hòn Mắt, rạn ngầm lân cận Hòn La-Đảo Yến, bản đảo Sơn Trà, xã đảo Tam Hải, Vũng Rô và vùng rạn lân cận, cù lao Xanh, quần đảo Hòn Khoai, đảo Hòn Sơn, Hòn Mê, Phú Quý. Vùng nội địa bổ sung thông tin tại các khu vực thủy sản tập trung sinh sản, khu vực thủy sản còn non tập trung sống tại các thủy vực gồm sông Đà, sông Gâm, sông Lô, sông Thái Bình, sông Rạng, sông Văn Úc, sông Mã, sông Krong Ana, hồ Yaly.
Quy hoạch phải xây dựng được bộ tiêu chí, chỉ số cụ thể về bảo vệ và khai thác nguồn lợi cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch gồm 2021-2030 và 2031-2050; xây dựng được phương án tổ chức không gian khai thác thủy sản phù hợp từng vùng biển, từng khu vực biển gắn với số lượng tàu cá hoạt động; phương án bảo vệ, bảo tồn và phát triển nguồn lợi thủy sản ở từng vùng sinh thái và vùng biển; quy hoạch được hệ thống cơ sở dịch vụ hậu cần, giải pháp về chính sách, tổ chức sản xuất, đầu tư, khoa học - công nghệ, hợp tác quốc tế; đề xuất được danh mục các dự án ưu tiên đầu tư theo từng giai đoạn.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm lập dự toán chi tiết nhiệm vụ và tổ chức chọn đơn vị lập quy hoạch từ nguồn vốn đầu tư công của bộ. Thời hạn lập quy hoạch không quá 24 tháng kể từ ngày nhiệm vụ lập quy hoạch được phê duyệt.
