Ông Phạm Sáu bị kỷ luật do thiếu trách nhiệm khi chậm chỉ đạo ban hành và sửa đổi, bổ sung quy chế làm việc của chi bộ; ký ban hành quy chế làm việc của chi bộ có nội dung không đúng quy định số 29 của Ban Chấp hành Trung ương; có nội dung chấp hành không nghiêm nguyên tắc tập trung dân chủ, hướng dẫn số 01 của Ban Bí thư về một số vấn đề cụ thể thi hành điều lệ Đảng trong ký nhận xét vào bản kiểm điểm của đảng viên để chuyển sinh hoạt Đảng không thông qua chi ủy. Trong sinh hoạt chi bộ, ông Sáu đã có lời nói thiếu chuẩn mực, gây bức xúc cho đảng viên, làm ảnh hưởng đến sự đoàn kết thống nhất trong chi bộ.
Ngoài ra, ông Phạm Sáu còn vi phạm điểm 3, điểm 6, Quy định số 101 của Ban Bí thư về trách nhiệm nêu gương của cán bộ, đảng viên, nhất là cán bộ lãnh đạo chủ chốt các cấp, trong việc thực hiện nguyên tắc tự phê bình và phê bình, thiếu gương mẫu trong công tác và sinh hoạt, chấp hành không nghiêm quy chế làm việc của cơ quan.
