Trưởng Ban Chỉ đạo là Phó Thủ tướng Chính phủ được phân công phụ trách lĩnh vực theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Ba Phó Trưởng ban gồm: Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Phó Trưởng ban thường trực); đại diện Lãnh đạo Bộ Quốc phòng; Tổng Cục trưởng Tổng cục Phòng, chống thiên tai. Các ủy viên là đại diện lãnh đạo các Bộ, ngành, cơ quan liên quan.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là Cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai, có trách nhiệm bảo đảm các điều kiện hoạt động của Ban Chỉ đạo; sử dụng các cơ quan, đơn vị chức năng trực thuộc Bộ để thực hiện các nhiệm vụ của thường trực Ban Chỉ đạo.
Trưởng Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ điều hành chung hoạt động của Ban Chỉ đạo; chịu trách nhiệm trước Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về toàn bộ hoạt động của Ban Chỉ đạo trong phạm vi, nhiệm vụ, quyền hạn được giao; phân công nhiệm vụ cho các Phó Trưởng ban và các thành viên Ban Chỉ đạo; quyết định theo thẩm quyền việc huy động nguồn lực và biện pháp ứng phó thiên tai trong trường hợp vượt quá khả năng của địa phương, bộ, cơ quan ngang bộ; báo cáo, đề xuất Thủ tướng Chính phủ quyết định xuất cấp hàng dự trữ quốc gia, dự phòng ngân sách trung ương và các nguồn lực hợp pháp khác để hỗ trợ ứng phó, khắc phục hậu quả thiên tai trong trường hợp vượt quá khả năng của địa phương, bộ, cơ quan ngang bộ.
Kinh phí hoạt động hàng năm của Ban Chỉ đạo do Ngân sách nhà nước bảo đảm, được bố trí trong dự toán ngân sách nhà nước hàng năm của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; các khoản hỗ trợ, viện trợ trực tiếp cho Ban Chỉ đạo và các nguồn kinh phí hợp pháp khác theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước và các quy định pháp luật khác có liên quan.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các cơ quan có liên quan ban hành văn bản hướng dẫn về tài chính cho hoạt động của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai và Ban Chỉ huy phòng, chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn các cấp để đảm bảo thực hiện đúng quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước và các quy định pháp luật khác có liên quan.
