Mục tiêu của cuộc kiểm toán là đánh giá công tác quản lý Nhà nước và việc tuân thủ các cam kết quốc tế của Việt Nam trong quản lý, sử dụng và bảo vệ nguồn nước lưu vực sông Mê Công, gắn với việc thực hiện mục tiêu cụ thể 6.5 thuộc mục tiêu phát triển bền vững số 6.
Cuộc kiểm toán tập trung vào các nội dung gồm: Công tác quản lý Bhà nước đối với nguồn nước lưu vực sông Mê Công; việc tuân thủ cam kết quốc tế của Việt Nam trong quản lý, sử dụng và bảo vệ nguồn nước lưu vực sông Mê Công. Phạm vi kiểm toán là giai đoạn 2016 - 2020 và thời kỳ trước, sau có liên quan. Địa điểm kiểm toán là tại 4 Bộ, ngành và 12 tỉnh, thành phố. Thời hạn kiểm toán là 58 ngày kể từ ngày công bố Quyết định kiểm toán tại đơn vị.
Đồng thời, cuộc kiểm toán thực hiện mục tiêu chiến lược của Tổ chức quốc tế các cơ quan Kiểm toán tối cao (INTOSAI) về việc thúc đẩy vai trò của SAI trong việc thực hiện thành công Chương trình nghị sự đến năm 2030 của Liên Hợp Quốc về phát triển bền vững và Tuyên bố Hà Nội. Với cương vị Chủ tịch Tổ chức các cơ quan Kiểm toán tối cao châu Á (ASOSAI) nhiệm kỳ 2018-2021, KTNN Việt Nam đã đề xuất thực hiện cuộc kiểm toán hợp tác “Việc quản lý nguồn nước lưu vực sông Mê Công, gắn với việc thực hiện các SDG” vào Kế hoạch chiến lược của ASOSAI giai đoạn 2020-2021 và tổ chức thực hiện vào năm 2021.
Cuộc kiểm toán hợp tác được thực hiện theo hình thức kiểm toán song song, do KTNN Việt Nam chủ trì và Cơ quan Kiểm toán tối cao (SAI) Thái Lan, Myanmar là thành viên, nhằm nâng cao hiệu quả quản lý nguồn nước lưu vực sông Mê Công mang tính bền vững, cải thiện môi trường sống và sự phát triển hài hòa của các quốc gia thuộc lưu vực sông Mê Công, trong đó có Việt Nam.
Với vai trò chủ trì cuộc kiểm toán, KTNN Việt Nam đã có những sáng kiến, đề xuất về nội dung, phương pháp và cách thức tổ chức thực hiện. Tại cuộc kiểm toán lần này, bên cạnh chủ đề và mục tiêu kiểm toán đã được thống nhất, KTNN Việt Nam đã xây dựng và ban hành Đề cương kiểm toán xác định cụ thể 4 nội dung và các tiêu chí kiểm toán tương ứng của cuộc kiểm toán và khuyến khích các SAI cùng thực hiện một số nội dung và tiêu chí kiểm toán cụ thể do KTNN Việt Nam xác định nhằm đánh giá tổng thể ảnh hưởng của việc quản lý nguồn nước lưu vực sông Mê Công tới Đồng bằng sông Cửu Long. Cuộc kiểm toán sẽ áp dụng nhiều phương pháp kiểm toán như: nghiên cứu hồ sơ, tài liệu liên quan; tổng hợp, thống kê, phân tích, so sánh; phỏng vấn; chọn mẫu. Quá trình kiểm toán có sự hỗ trợ của các chuyên gia tư vấn quốc tế về nguồn nước, kiểm toán hoạt động liên quan đến thực hiện các SDG, kiểm toán môi trường. Trong trường hợp cần thiết, Đoàn kiểm toán có thể mời thêm chuyên gia hỗ trợ kỹ thuật về một số vấn đề chuyên môn cụ thể.
Phát biểu tại Hội nghị, Phó Tổng KTNN Nguyễn Tuấn Anh cho biết: Trong quá trình xây dựng Đề cương và Kế hoạch kiểm toán, KTNN đã nhận được sự ủng hộ, hỗ trợ của các Bộ, ngành, địa phương. Đề cương kiểm toán cũng được các SAI tham gia kiểm toán thống nhất cao.
Để Đoàn kiểm toán hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, Phó Tổng KTNN Nguyễn Tuấn Anh đề nghị các thành viên Đoàn kiểm toán thực hiện nghiêm vai trò, trách nhiệm, quy chế hoạt động của Đoàn, các chuẩn mực về đạo đức nghề nghiệp của kiểm toán viên. Phó Tổng KTNN cũng đánh giá cao sự nhất trí, đồng thuận của các đại biểu tham dự Hội nghị về Kế hoạch kiểm toán chi tiết; đồng thời đề nghị lãnh đạo các Bộ, ngành, địa phương chỉ đạo các đơn vị đầu mối cung cấp hồ sơ, tài liệu, phối hợp chặt chẽ với Đoàn kiểm toán, tạo mọi điều kiện thuận lợi theo quy định của pháp luật nhằm giúp KTNN hoàn thành tốt cuộc kiểm toán, góp phần thực hiện mục tiêu chiến lược với cương vị Chủ tịch ASOSAI nhiệm kỳ 2018 - 2021.
