Vòng chung kết có 8 đội thi đấu, gồm: Cao Bằng, Hưng Gia Khang Đắk Lắk, Kardiachain Sài Gòn, Quảng Nam, Sahako, Sanvinest Sanatech Khánh Hòa, Thái Sơn Bắc và Thái Sơn Nam.
Ở vòng chung kết, các đội bốc thăm chia thành 4 cặp đấu, thi đấu loại trực tiếp tranh các suất vào thi đấu bán kết, chung kết để xếp hạng từ 1 đến 4, các đội thua sẽ thi đấu phân hạng từ 5 đến 8. Giá trị giải thưởng cho các đội nhất, nhì, ba là cúp, huy chương cùng phần thưởng tương ứng: 200, 100, 50 triệu đồng. Ngoài ra, còn có các phần thưởng phụ khác như: đội phong cách, cầu thủ xuất sắc nhất giải, vua phá lưới, thủ môn xuất sắc...
Theo Ban tổ chức, những năm gần đây, các giải Futsal đã thu hút được đông đảo người hâm mộ, giới chuyên môn, chất lượng chuyên môn ngày càng cao, tổ chức bài bản, chuyên nghiệp qua đó góp phần nâng cao vị thế của môn bóng đá trong nhà ở trong nước và quốc tế. Thông qua giải Futsal HDBank Cúp Quốc gia 2020, Ban tổ chức sẽ phát hiện những nhân tố xuất sắc nhằm bồi dưỡng, rèn luyện để bổ sung lực lượng cho đội tuyển Quốc gia, phục vụ cho các giải đấu Quốc tế trong thời gian tới.
Sau Lễ khai mạc đã diễn ra trận đấu Tứ kết giữa chủ nhà Hưng Gia Khang Đắk Lắk và Quảng Nam, trận đấu kết thúc với tỷ số 2-1 nghiêng về Quảng Nam.
Ở các trận Tứ kết trước đó, Thái Sơn Nam đã vượt qua Kadiachaiin Sài Gòn FC với tỷ số 4-1 để đoạt tấm vé đầu tiên vào bán kết. Trong khi đó Sahako cũng đánh bại Thái Sơn Bắc với tỷ số 5-2 để điền tên mình vào bán kết.
Vòng chung kết Giải Futsal Cup Quốc gia 2020 dự kiến sẽ diễn ra đến ngày 26/11/2020.
