Căn cứ kết quả điều tra và tài liệu chứng cứ thu thập được, ngày 10/6/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" xảy ra tại Công ty Xuất khẩu lao động hàng hải Vinalines và các đơn vị liên quan; ra Quyết định khởi tố bị can; Lệnh bắt bị can để tạm giam và Lệnh khám xét về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" quy định tại Khoản 3, Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017, đối với: Nguyễn Quang Ngữ, sinh năm 1957, nguyên Giám đốc Công ty Xuất khẩu lao động hàng hải Vinalines; Phạm Thế Tài, sinh năm 1975, nguyên Phó Trưởng phòng phụ trách Phòng Tài chính kế toán Công ty Xuất khẩu lao động hàng hải Vinalines; Nguyễn Thị Tươi, sinh năm 1979, nguyên Phó Giám đốc kiêm Trưởng Văn phòng Hà Nội thuộc Công ty Xuất khẩu lao động hàng hải Vinalines.
Sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao (Vụ 3) phê chuẩn, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các Quyết định và Lệnh nêu trên theo đúng quy định của pháp luật.
Quá trình điều tra bước đầu xác định, từ tháng 10/2014 đến tháng 7/2017, các đối tượng trên đã có hành vi ký hợp đồng giao khoán, thu phí dịch vụ của thực tập sinh đi lao động tại Nhật Bản vượt quy định của Nhà nước; hạch toán trên hệ thống sổ sách kế toán chi phí mua vé máy bay cho thực tập sinh và chuyển tiền phí dịch vụ thu của thực tập sinh vào tài khoản cá nhân, không nộp đủ về quỹ Công ty sai quy định gây thiệt hại cho Công ty Xuất khẩu lao động hàng hải Vinalines.
Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tập trung lực lượng, khẩn trương làm rõ hành vi sai phạm của các bị can, thu hồi tài sản của Nhà nước và tiến hành điều tra, mở rộng vụ án theo đúng quy định của pháp luật.
