Cụ thể, bà Lê Hoàng Diệp Thảo có đơn tố giác ông Nguyễn Duy Phước, Trưởng phòng Pháp lý của Công ty cổ phần Tập đoàn Trung Nguyên có hành vi làm giả và sử dụng tài liệu giả, gồm: Biên bản họp Đại hội cổ đông không ghi ngày vào tháng 12/2011 và quyết định của Đại hội đồng cổ đông không ghi ngày vào tháng 12/2011 của Công ty cổ phần Tập đoàn Trung Nguyên cung cấp cho Tòa án nhân dân tỉnh Bình Dương để chứng minh việc ông Đặng Lê Nguyên Vũ là người đại diện toàn bộ phần vốn góp của Công ty cổ phần Tập đoàn Trung Nguyên tại Công ty cổ phần cà phê hòa tan Trung Nguyên. Biên bản họp Đại hội đồng cổ đông ngày 26/12/2011 và quyết định của Đại hội đồng cổ đông ngày 3/1/2012 của Công ty cổ phần Tập đoàn Trung Nguyên nộp cho Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bình Dương để làm thủ tục đăng ký thay đổi doanh nghiệp lần thứ 8 của Công ty cổ phần cà phê hòa tan Trung Nguyên.
Cũng theo nội dung của đơn tố giác về tội phạm, mục đích của hành vi làm giả và sử dụng tài liệu giả nói trên là nhằm tước đoạt quyền sở hữu, quyền quản lý của bà Lê Hoàng Diệp Thảo tại Công ty cổ phần cà phê hòa tan Trung Nguyên, gây thiệt hại về tài sản cho Công ty cổ phần cà phê hòa tan Trung Nguyên từ tháng 11/2015 đến nay với số tiền ước tính là hơn 4 nghìn tỷ đồng.
Sau khi tiến hành các biện pháp nghiệp vụ, kiểm tra, xác minh tố giác về tội phạm, cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bình Dương đã khởi tố vụ án hình sự “Làm giả tài liệu của cơ quan, tổ chức” xảy ra tại Công ty cổ phần cà phê hòa tan Trung Nguyên để tiến hành điều tra làm rõ.
