Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bến Tre đã khởi tố vụ án về tội Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản đối với đơn vị thi công là Công ty trách nhiệm hữu hạn Đầu tư và Xây dựng Thành Long, có trụ sở tại Thành phố Hồ Chí Minh, do ông Nguyễn Mạnh Hùng làm Tổng Giám đốc để điều tra.
Công trình nạo vét thượng nguồn sông Ba Lai thuộc Dự án thủy lợi Bắc Bến Tre được UBND tỉnh Bến Tre giao Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm chủ đầu tư. Công trình sử dụng vốn trái phiếu Chính phủ với tổng mức đầu tư 303,7 tỉ đồng, thực hiện từ năm 2008 - 2012. Thời điểm đó, ông Lê Phong Hải là Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn kiêm Trưởng Ban Quản lý Dự án thủy lợi Bắc Bến Tre, là đại diện pháp nhân đơn vị chủ đầu tư.
Toàn bộ dự án có 25 gói thầu, trong đó 11 gói thầu xây lắp. Trong quá trình thực hiện hợp đồng thi công gói thầu số 5 và số 6, Công ty Thành Long không trực tiếp thi công mà thuê nhà thầu phụ làm thay. Quá trình thuê thầu phụ, Công ty Thành Long không thanh toán vốn theo tiến độ, khiến nhà thầu phụ gặp nhiều khó khăn dẫn đến việc nạo vét trì trệ.
Cơ quan điều tra xác định, ông Lê Phong Hải với vai trò đại diện chủ đầu tư đã thiếu trách nhiệm, làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây thất thoát ngân sách hơn 6,8 tỷ đồng. Cụ thể là lựa chọn nhà thầu không đủ năng lực, cho nhà thầu tạm ứng đến 50% giá trị hợp đồng trong khi chủ đầu tư chưa có mặt bằng giao đơn vị thi công. Ngoài ra, chứng thư bảo lãnh tiền tạm ứng hết hiệu lực nhưng chủ đầu tư không buộc nhà thầu gia hạn bảo lãnh tiền tạm ứng đã dẫn đến việc ông Nguyễn Mạnh Hùng chiếm dụng toàn bộ tiền tạm ứng.
