Theo cơ quan điều tra, Nguyễn Bảo Trung bị khởi tố vì đã có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn, can thiệp, chỉ đạo giúp Công ty cổ phần đầu tư Trung Hậu - Tổng 68 được cấp phép thăm dò, khai thác, điều chỉnh giấy phép khai thác trái quy định của pháp luật tại mỏ cát thuộc xã Mỹ Hiệp và xã Bình Phước Xuân, huyện Chợ Mới, tỉnh An Giang, thu lợi bất chính số tiền đặc biệt lớn, gây thiệt hại tài sản Nhà nước.
Cơ quan điều tra cũng tiến hành khám xét chỗ ở của Nguyễn Bảo Trung tại số 38 Nguyễn Thái Học, khóm Bình Long 1, phường Mỹ Bình, thành phố Long Xuyên, An Giang và nơi làm việc tại số 2, đường 20, phường Mỹ Hòa, thành phố Long Xuyên, tỉnh An Giang.
Trước đó, tháng 8/2023, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án hình sự và tháng 1/2024, quyết định bổ sung quyết định khởi tố hình sự về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ", xảy ra tại Công ty Cổ phần Đầu tư Trung Hậu - Tổng 68, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh An Giang và các đơn vị liên quan.
