Mỗi đội thi có tối đa 5 thành viên là sinh viên, học viên cao học. Trong mỗi đội có tối thiểu 2 sinh viên/học viên đang học tập tại trường đại học khối kỹ thuật trên cả nước tính đến hết tháng 12/2020.
Mỗi thí sinh hoặc đội thi chỉ tham gia một đề tài dự thi. Các đội thi chỉ được báo cáo trước hội đồng khi có mặt trên 2/3 số thành viên đội.
Các đội sẽ trải qua 3 vòng. Vòng 1: Các đội đăng ký tham dự và được hướng dẫn thể lệ cuộc thi, được tham gia đào tạo cơ bản để nộp đăng ký ý tưởng sáng tạo. Hai mươi ý tưởng sáng tạo tốt nhất từ vòng sơ loại sẽ được vào vòng 2, được tham gia đào tạo chuyên sâu để phát triển và cụ thể hóa ý tưởng thành đề án, trình bày trước Ban giám khảo. Ở vòng 3, mười đề án tốt nhất được lựa chọn sẽ tham gia khoá huấn luyện nâng cao và được tài trợ để phát triển mô hình sản phẩm.
Năm đội xuất sắc nhất sẽ trình bày sản phẩm của mình tại lễ chung kết với phần hùng biện và tương tác với Ban giám khảo và khán giả để giành các giải thưởng giá trị được các công ty, các nhà đầu tư tài trợ và có cơ hội được tiếp tục huấn luyện phát triển ý tưởng khởi nghiệp.
Trong khoảng 6 tháng diễn ra cuộc thi, Ban tổ chức sẽ tiến hành các hoạt động đào tạo, hướng dẫn cho các đội thi từ giai đoạn viết ý tưởng đến hoàn thiện đề án, triển khai đề án với sự hỗ trợ từ các diễn giả có uy tín về sáng tạo và khởi nghiệp.
Từ năm 2019, cuộc thi Sáng tạo trẻ Bách khoa đã mở rộng đối tượng dự thi tới khối các trường kỹ thuật trong cả nước.
