Do sự tàn phá của bão số 3, nhiều cây trên các núi đá vôi trên vịnh Hạ Long bị đổ gãy, chết, tạo các cành, lá khô, dẫn đến thảm thực vật trên các đảo với nhiều lá, thân cây khô đang tiềm ẩn nguy cơ cháy cao, nhất là vào mùa hanh khô đang tới. Vì vậy, các chuyên gia khuyến cáo, ở một số khu vực có nguy cơ xảy ra cháy cao như: hang Đầu Gỗ - Thiên Cung, hang Sửng Sốt, Ti Tốp cần có các biện pháp phòng, chống cháy rừng, lắp đặt biển cấm lửa, biển báo phòng cháy, chữa cháy, nhất là tại các điểm du lịch…
Các chuyên gia của Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật đã khảo sát tại một số khu vực trọng điểm của vùng lõi vịnh Hạ Long. Theo đó, núi đá khu vực động Thiên Cung - Đầu Gỗ và Hang Sò - Ba Hang có 100% cây gỗ bị ảnh hưởng, trong đó 70% có khả năng phục hồi, 30% không có khả năng phục hồi do bật gốc, gãy đổ; điểm Vung Viêng có 70 - 80% cây bị rụng lá, gãy đổ. Các khu vực như hang Sửng Sốt, Ti Tốp, Hang Cỏ, Mê Cung, Soi Sim nhiều cây bị gãy ngọn, gãy cành, số lượng ít bị bật gốc, khả năng phục hồi cao. Cọ Hạ Long ở khu vực hang Ti Tốp vẫn phát triển dưới tán cây.
Khu vực Tiên Ông - Cửa Vạn, cây hầu như không bị tác động, 15 cây cọ Hạ Long ở đây phát triển bình thường... Sau bão, nhiều cây giờ đã mọc mầm xanh, ra lá non nhưng sẽ mất từ 4 - 6 tháng mới thấy rõ sự phục hồi.
Qua đánh giá cho thấy, từ thực tế suy giảm độ che phủ của thảm thực vật trên núi đá vôi sẽ ảnh hưởng tiêu cực đến một số loài thực vật đặc hữu và thực vật có giá trị cảnh quan của vịnh Hạ Long như: Thiên tuế Hạ Long, Cọ Hạ Long, Lan hài, Bông mộc…; đồng thời cũng tác động tiêu cực đến môi trường sống của các loài động vật hoang dã, trong đó ảnh hưởng trực tiếp đến nơi cư trú của một số loài chim, bò sát và nguồn thức ăn thường xuyên của đàn khỉ vàng Macaca mulatta đang sinh sống trên các đảo thuộc khu vực di sản. Những điều này đặt ra bài toán trong việc tìm kiếm các giải pháp, phương án phù hợp, hiệu quả để khắc phục, sớm phục hồi màu xanh trên các núi đá của vịnh Hạ Long.
