Vòng chung kết diễn ra từ ngày 14-27/1, tại Trung tâm Đào tạo bóng đá PVF (Hưng Yên), với sự tham dự của 12 đội bóng gồm: Thể Công Viettel I, PVF, PVF-CAND (chủ nhà), Hà Nội, Sông Lam Nghệ An, Hồng Lĩnh Hà Tĩnh, LPBank Hoàng Anh Gia Lai, Thành phố Hồ Chí Minh, SHB Đà Nẵng, Đắk Lắk, Công an Thành phố Hồ Chí Minh và Đồng Tháp.
12 đội được chia vào ba bảng, thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng. Các đội Nhất, Nhì tại mỗi bảng và hai đội đứng thứ Ba có thành tích tốt hơn trong ba nhóm sẽ giành quyền vào Tứ kết.
Phát biểu khai mạc, Phó Tổng thư ký Liên đoàn Bóng đá Việt Nam Nguyễn Minh Châu, Trưởng Ban tổ chức khẳng định: Với sự chuẩn bị chu đáo và sự đồng hành của nhà tài trợ, cùng tinh thần thi đấu trung thực, cao thượng của các đội bóng, vòng Chung kết Giải bóng đá Vô địch U19 quốc gia - Cúp Modern 2025/2026 hứa hẹn mang đến cho người hâm mộ những trận đấu hấp dẫn, giàu tính chuyên môn, nơi các cầu thủ trẻ thể hiện tài năng trên sân cỏ.
Ngay sau Lễ khai mạc đã diễn ra trận đấu mở màn tại bảng A, giữa Câu lạc bộ U19 Thể Công Viettel I gặp đội chủ nhà U19 PVF-CAND. Kết quả, U19 PVF-CAND giành chiến thắng với tỷ số 1-0, bàn thắng duy nhất của trận đấu được ghi ở phút thứ 8, bởi cầu thủ mang áo số 18 Bùi Duy Đăng.
