Trẻ mắc ho gà có thể gặp phải các biến chứng nguy hiểm như: Viêm phổi nặng; viêm não với tỷ lệ tử vong cao; Lồng ruột, thoát vị, sa trực tràng; trường hợp nặng có thể gặp vỡ phế nang, tràn khí trung thất hoặc tràn khí màng phổi; xuất huyết võng mạc, kết mạc mắt, rối loạn nước điện giải, bội nhiễm các vi khuẩn khác…