Trong một video đăng trên trang Youtube chính thức của Phủ tổng thống, ông Jokowi nhấn mạnh các thủy thủ trên tàu là "những người con ưu tú nhất của Tổ quốc, những người yêu nước nhất bảo vệ chủ quyền đất nước". Theo ông, nhà chức trách Indonesia vẫn duy trì nỗ lực ở mức cao nhất để tìm kiếm và cứu nạn. Tổng thống Indonesia kêu gọi toàn thể người dân cầu nguyện cho 53 thành viên thủy thủ đoàn và gia đình.
Tàu ngầm KRI Nanggala-402 được tuyên bố là mất liên lạc vào sáng 21/4 khi tham gia diễn tập phóng ngư lôi ở ngoài khơi bờ biển Bali. Tàu ngầm này được đóng tại Đức năm 1978 và năm 2012 đã hoàn thành việc duy tu, bảo dưỡng trong 2 năm tại Hàn Quốc.
Phát biểu họp báo tại Bali hôm 24/4, Tư lệnh quân đội Indonesia, Nguyên soái Hadi Tjahjanto cho biết đã chuyển trạng thái tìm kiếm từ “tàu ngầm mất tích (SUBMISS)” sang “tàu ngầm chìm (SUBSINK)” sau 72 giờ tìm kiếm. Sáng 24/4 cũng là thời điểm dự trữ oxy trên tàu cạn kiệt trong trường hợp tàu bị mất điện hoàn toàn.
Tuy nhiên, Tham mưu trưởng Hải quân, Đô đốc TNI Yudo Margono cho biết nếu điện vẫn còn, có thể dự trữ oxy trên tàu sẽ đủ dùng trong 5 ngày trước khi cạn kiệt vào ngày 26/4. Theo ông Yudo, hiện chiến dịch tìm kiếm con tàu gặp nạn đang tập trung tại 9 điểm, cách bờ biển Celukan Bawang của huyện Buleleng khoảng 40 km - xung quanh địa điểm phát hiện các vệt dầu loang và lực từ trường mạnh. Nguyên nhân khiến tàu bị chìm đang được tích cực điều tra.
Trong khi đó, ông TB Hasanuddin, thành viên Ủy ban I (giám sát đối ngoại, tình báo và quân sự) thuộc Hạ viện Indonesia, cho rằng tàu ngầm KRI Nanggala 402 bị chìm do quá trình sửa chữa vào năm 2012 không thành công.
Theo ông, tàu ngầm trên đã được sửa chữa và nâng cấp vào năm 2012, với ngân sách khoảng 75 triệu USD. Không chỉ thay thế phụ tùng, con tàu còn được thay đổi về cấu trúc, nhất là ở hệ thống phóng ngư lôi. Cũng trong năm 2012, tàu KRI Nanggala 402 đã tiến hành thử nghiệm bắn ngư lôi song thất bại do hệ thống vỏ bọc có vấn đề. Sự cố này đã khiến 3 quân nhân thiệt mạng.
Ông Hasanuddin đề nghị quân đội và Hải quân Indonesia ngừng sử dụng các tàu ngầm cùng loại, như tàu ngầm KRI Cakra 401, để tránh gây thêm thương vong cho các binh sĩ.
Bên cạnh đó, ông Hasanuddin cũng yêu cầu làm rõ việc thủy thủ đoàn 53 người của tàu KRI Nanggala 402 vượt quá khả năng chở tối đa của tàu là 38 người. Ông cho biết cũng nhận được thông tin rằng khi lặn, con tàu được cho là không mang theo gel dưỡng khí song vẫn được lệnh khởi hành.
