Ngoài các mức án dành cho các bị cáo, Hội đồng xét xử đã áp dụng các biện pháp tư pháp, các bị cáo và người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan đến vụ án phải nộp số tiền thu lời bất chính vào Ngân sách Nhà nước.
Cụ thể, bị cáo Nguyễn Bắc Son phải nộp 66.495.000.000 đồng (bị cáo và gia đình đã nộp), bị cáo Trương Minh Tuấn phải nộp 4.452.000.000 đồng (bị cáo và gia đình đã nộp), bị cáo Lê Nam Trà (nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên MobiFone) phải nộp 55.592.500.000 đồng (bị cáo và gia đình đã nộp), bị cáo Cao Duy Hải (nguyên Tổng Giám đốc MobiFone) phải nộp 11.125.000.000 đồng (bị cáo và gia đình đã nộp), Công ty trách nhiệm hữu hạn Tư vấn Đầu tư và Thẩm định giá AMAX phải nộp 340 triệu đồng (Công ty AMAX đã nộp), bị cáo Hoàng Duy Quang (thẩm định viên Công ty AMAX) phải nộp 54 triệu đồng (bị cáo và gia đình đã nộp). Số tiền gia đình các bị cáo nộp thừa sẽ được trả lại.
Hội đồng xét xử quyết định tiếp tục duy trì lệnh phong tỏa tài khoản của Cơ quan cảnh sát điều tra - Bộ Công an để đảm bảo cho việc thi hành án của bị cáo Nguyễn Bắc Son đối với các tài khoản của Nguyễn Bắc Son gồm tài khoản tiền gửi tiết kiệm có số dư 500 triệu đồng và tài khoản tiền gửi thanh toán có số dư gần 92 triệu đồng; tiếp tục duy trì các lệnh phong tỏa tài khoản của Cơ quan cảnh sát điều tra - Bộ Công an để đảm bảo cho việc thi hành án của bị cáo Trương Minh Tuấn đối với các tài khoản của Trương Minh Tuấn có tổng số dư hơn 2,1 tỷ đồng; tiếp tục duy trì các lệnh phong tỏa tài khoản của Cơ quan cảnh sát điều tra - Bộ Công an để đảm bảo cho việc thi hành án của bị cáo Lê Nam Trà đối với các tài khoản của bị cáo Lê Nam Trà gồm tài khoản có số dư gần 940 triệu đồng và một tài khoản có số dư hơn 850 triệu đồng.
Hội đồng xét xử quyết định hủy bỏ lệnh kê biên tài sản đối với quyền sử dụng 120,60 m2 đất ở và nhà ở gắn liền với đất tại địa chỉ 4 Khu 36C Lý Nam Đế, phường Cửa Đông (quận Hoàn Kiếm, Hà Nội) theo Giấy chứng nhận Quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở đứng tên chủ sở hữu nhà ở và sử dụng đất ở là bị cáo Nguyễn Bắc Son và vợ; hủy bỏ lệnh kê biên tài sản đối với tài sản đất và nhà ở tại địa chỉ 110 tổ 95 Hào Nam, phường Ô Chợ Dừa (quận Đống Đa, Hà Nội) theo Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất đứng tên bị cáo Trương Minh Tuấn và vợ.
Về xử lý vật chứng liên quan đến vụ án, Hội đồng xét xử đã quyết định tạm giữ số tiền 66 tỷ đồng do gia đình và bạn bè của bị cáo Nguyễn Bắc Son đã nộp thay cho bị cáo Nguyễn Bắc Son (hiện lưu giữ tại Cục Thi hành án dân sự thành phố Hà Nội); tạm giữ số tiền hơn 2,3 tỷ đồng do vợ bị cáo Trương Minh Tuấn nộp thay bị cáo Tuấn (hiện lưu giữ tại Cục Thi hành án dân sự thành phố Hà Nội); tạm giữ số tiền hơn 53,8 tỷ đồng ông Lê Trung Dũng nộp thay bị cáo Lê Nam Trà (hiện lưu giữ tại Cục Thi hành án dân sự thành phố Hà Nội).
Hội đồng xét xử cũng quyết định tạm giữ số tiền các bị cáo thu lợi bất chính đã được gia đình nộp lại, số tiền Công ty AMAX nộp hiện đang lưu giữ tại Cục Thi hành án dân sự thành phố Hà Nội gồm: bị cáo Cao Duy Hải (hơn 11,1 tỷ đồng), bị cáo Hoàng Duy Quang (54 triệu đồng), Công ty AMAX (340 triệu đồng)…
