Mục tiêu của Chương trình nhằm thiết lập hệ thống cơ sở vật chất kỹ thuật, trang thiết bị và phương tiện hiện đại, đạt trình độ tiên tiến phục vụ công tác điều tra cơ bản, quan trắc, kiểm soát, bảo vệ môi trường và xây dựng cơ sở dữ liệu về biển, hải đảo đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ quản lý tổng hợp tài nguyên, môi trường biển, hải đảo trong tình hình mới, góp phần đạt được các mục tiêu của Chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045.
Theo đó, nhiệm vụ, giải pháp chủ yếu cần thực hiện là: Tăng cường năng lực quan trắc tài nguyên, môi trường biển và hải đảo; Tăng cường năng lực quản lý tổng hợp; điều tra, khảo sát; kiểm soát ô nhiễm môi trường biển và hải đảo; đầu tư hệ thống cơ sở dữ liệu và hệ thống thông tin tích hợp, hiện đại hóa công tác quản lý tổng hợp tài nguyên – môi trường biển và hải đảo; đầu tư cơ sở vật chất phục vụ điều tra cơ bản cho các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam; cơ sở vật chất phục vụ hợp tác quốc tế, nghiên cứu về rác thải nhựa đại dương; cơ sở lưu trữ, bảo quản mẫu vật và nghiên cứu tài nguyên, môi trường biển và hải đảo miền Trung và miền Tây Nam bộ.
Đồng thời, nhiệm vụ tiếp theo là: Tăng cường phương tiện, trang thiết bị kỹ thuật phục vụ quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển, hải đảo cho các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có biển; đa dạng hóa các hình thức hợp tác giữa tư nhân và nhà nước, trong nước và nước ngoài để tăng cường năng lực quan trắc, điều tra, khảo sát, nghiên cứu khoa học biển và kiểm soát, bảo vệ môi trường biển; tăng cường phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương có biển trong quá trình triển khai thực hiện các nhiệm vụ, dự án đảm bảo chia sẻ thông tin, dữ liệu; khai thác tối đa năng lực, kinh nghiệm, phương tiện, trang thiết bị trong phối hợp thực hiện các nhiệm vụ, dự án thuộc Chương trình.
Kinh phí thực hiện Chương trình được bố trí từ nguồn ngân sách nhà nước, nguồn vốn ODA, nguồn viện trợ không hoàn lại của nước ngoài và các nguồn vốn hợp pháp khác theo quy định của pháp luật.
