Tại thời điểm xây dựng Đề án, năm học 2009 - 2010, cả nước có 68 trường chuyên, 7 khối chuyên; đến nay có 86 trường chuyên và khối chuyên ở 63 tỉnh, thành.
Đánh giá chung về Đề án, TS Vũ Đình Chuẩn, Vụ trưởng Vụ Giáo dục Trung học, Bộ GD - ĐT cho biết: Cả 6 mục tiêu đặt ra trong Đề án đều đạt được những kết quả hết sức cụ thể. Sau 5 năm thực hiện, hệ thống giáo dục chuyên có sự phát triển mạnh mẽ. Đề án phát triển hệ thống trường chuyên đã có tác động lớn đến việc thay đổi nhận thức của các cấp chính quyền, cha mẹ học sinh, học sinh và xã hội vì mục tiêu trường chuyên. Trường chuyên đã nhận được sự ủng hộ ngày càng rộng rãi của lãnh đạo Đảng, Nhà nước cấp trung ương và địa phương.
Đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên trường chuyên cũng chuyển biến đáng kể về chất lượng. Công tác đào tạo, bồi dưỡng phát triển năng lực đội ngũ được các cấp quản lý giáo dục quan tâm. Chất lượng giáo dục tại các trường chuyên có chuyển biến mạnh, thể hiện qua kết quả xếp loại 2 mặt giáo dục, kết quả thi ĐH, kết quả thi Olympic khu vực, quốc tế, thi Intel ISEF trong các năm qua. Việc nâng trình độ ngoại ngữ, tin học cho giáo viên và học sinh được các trường chú trọng; việc thí điểm dạy học một số môn khoa học tự nhiên bằng tiếng Anh đã đạt được những kết quả ban đầu; việc tổ chức cho học sinh nghiên cứu khoa học, tham gia cuộc thi khoa học, kỹ thuật học sinh trung học cấp quốc gia được các trường chuyên đưa vào nhiệm vụ hàng năm.
TS Vũ Đình Chuẩn cho biết, hệ thống trường chuyên vẫn còn một số hạn chế liên quan đến cơ sở vật chất; năng lực ngoại ngữ của cán bộ quản lý, giáo viên, học sinh. Một số trường chưa chứng tỏ được vai trò hình mẫu. Huy động nguồn lực từ hợp tác quốc tế còn hạn hẹp… Định hướng để phát triển trường chuyên trong thời gian tới được nhấn mạnh là phấn đấu để các trường chuyên thực sự là hình mẫu của các trường THPT về cơ sở vật chất, đội ngũ nhà giáo và tổ chức các hoạt động giáo dục ở mỗi địa phương. Do đó, trong thời gian tới, các nhiệm vụ, giải pháp quan trọng được đặt ra là sẽ tiếp tục đổi mới chương trình, tài liệu dạy học và tuyển sinh, thi học sinh giỏi trong các trường chuyên. Rà soát, hoàn thiện cơ chế, chính sách đặc thù đối với nhà trường, cán bộ quản lý, giáo viên và học sinh các trường chuyên. Tăng cường công tác quản lý đối với hệ thống các trường chuyên…
