Để bảo vệ Di tích Chùa Cầu, đã có rất nhiều ý kiến và giải pháp sửa chữa trùng tu di tích này do các nhà khoa học, các chuyên gia trong và ngoài nước đưa ra. Tuy nhiên các giải pháp đều chưa nhận được sự đồng thuận. Nhiều nhà khoa học đề nghị hạ giải toàn bộ các hạng mục của Chùa Cầu để trùng tu nhưng cũng có không ít ý kiến phản biện quyết liệt về việc hạ giải toàn bộ mà cho rằng nên hạ giải từng phần. Thành phố Hội An ghi nhận tất cả các ý kiến, các giải pháp của các nhà khoa học, các chuyên gia trong nước và quốc tế trong việc trùng tu bảo vệ Chùa Cầu. Tuy nhiên, tất cả các giải pháp trùng tu Chùa Cầu phải được đánh giá toàn diện và hết sức cẩn thận, Bí thư thành ủy Hội An Kiều Cư cho biết thêm.
Di tích Chùa Cầu là biểu tượng của phố cổ Hội An và được xây dựng cách đây hơn 400 năm. Do tác động của thời gian, Chùa Cầu đã xuống cấp nghiêm trọng. Tuy vậy, mỗi ngày di tích này phải “cõng” trên mình hơn 4.000 lượt khách đến tham quan; vào ngày lễ, Tết, lượng khách tham quan Chùa Cầu còn nhiều hơn.
Ông Nguyễn Chí Trung, Giám đốc Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa Hội An, cho biết: Qua khảo sát, hiện tại di tích Chùa Cầu đang trong tình trạng ngày càng xuống cấp nghiêm trọng. Các hệ dầm đỡ thân cầu mục nát, dầm thép bị mục rỉ, móng trụ bị nứt, ván sàn cầu đang bị ăn mòn nhanh chóng do có sự tác động thường xuyên liên tục của khách tham quan lên mặt cầu.
Để tạm thời bảo vệ di tích, đảm bảo sự an toàn cho du khách, Trung tâm Quản lý Bảo tồn Di sản Văn hóa đã triển khai chống đỡ và gia cố tạm thời các vị trí xuống cấp. Việc trùng tu toàn diện cho Di tích Chùa Cầu, trong đó hạng mục quan trọng nhất gồm phần Cầu và Chùa, vẫn chưa được triển khai thực hiện vì chưa có sự thống nhất về giải pháp của các nhà khoa học, các chuyên gia và cơ quan có thẩm quyền.
Dự kiến, trong năm 2019 tỉnh Quảng Nam và thành phố Hội An sẽ tổ chức hội thảo khoa học với sự tham gia của nhiều nhà khoa học, chuyên gia hàng đầu trong nước và quốc tế để đánh giá một cách toàn diện những nguy cơ tác động đến Di tích Chùa Cầu và đưa ra phương án tối ưu cho việc trùng tu di sản quý giá này.
