Vụ tai nạn xảy ra vào khoảng 15 giờ 30 phút, tại đoạn đường sắt qua bản Liên Hà. Khi ấy, cháu Nguyễn T.N (sinh năm 2012) và Nguyễn T.B.N (sinh năm 2020) là chị em gái trong một gia đình (trú tại bản Liên Hà 7, xã Bảo Hà) điều khiển xe đạp điện từ đường dân sinh của thôn cắt ngang đường sắt thì bất ngờ gặp xe chuyên dụng của ngành đường sắt chạy hướng Lào Cai đi Yên Bái đâm trúng. Vụ tai nạn khiến hai cháu Nguyễn T.N và Nguyễn T.B.N tử vong tại chỗ.
Ngay sau khi tai nạn xảy ra, Công an xã Bảo Hà và các cơ quan chức năng huyện Bảo Yên đã phối hợp với chính quyền địa phương có mặt tại hiện trường để điều tra nguyên nhân và bàn giao thi thể nạn nhân cho gia đình.
Khi nhận được thông tin vụ tai nạn, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai, Phó Trưởng ban Thường trực Ban An toàn giao thông tỉnh Nguyễn Trọng Hài đã đến hiện trường chỉ đạo công tác khắc phục hậu quả và thăm hỏi gia đình nạn nhân.
