Theo đó, mức phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt được Bộ Tài chính đề xuất giảm về mức 4% trên doanh thu kinh doanh vận tải đường sắt so với hiện hành (quy định tại Thông tư số 295/2016/TT-BTC ngày 15/11/2016 là 8%).
Cũng theo Thông tư 12, doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt thực hiện kê khai, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt theo tháng, quyết toán năm theo quy định tại Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; nộp 100% số tiền phí vào ngân sách nhà nước (ngân sách trung ương) theo chương, mục của mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Trong thời gian Thông tư 12 có hiệu lực, doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt không thực hiện khai, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt theo mức thu phí quy định tại Thông tư số 295/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt.
Các nội dung thuộc phạm vi điều chỉnh, đối tượng áp dụng, trường hơp không thu phí và các nội dung khác liên quan không quy định tại Thông tư 12/2021/TT-BTC thì vẫn thực hiện theo Thông tư số 295/2016/TT-BTC.
Thông tư 12/2021/TT-BTC có hiệu lực đến hết ngày 31/12/2021. Kể từ ngày 1/1/2022 trở đi, phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt thực hiện theo quy định cũ (Thông tư số 295/20216/TT-BTC).
