Theo khảo sát về các loài chim quý hiếm, có 42% loài sử dụng đầm lầy nước ngọt, 10% sử dụng đồng cỏ, còn lại sử dụng rừng ngập nước, các con kênh, cây, bụi rậm và tổng hợp nhiều loại môi trường. Với môi trường tự nhiên phong phú, Vườn Quốc gia Tràm Chim được công nhận là một trong những vùng có nhiều loài chim quý ở Việt Nam. Tại đây, những nơi có quần xã cỏ ống là nơi kiếm ăn và sinh sản của Công đất và Nhạn. Khu vực quần xã cỏ năng là nơi ăn của các loài tiêu biểu như Sếu, Giang sen và Già đẫy. Ngoài ra, quần xã sen, lúa ma, mồm mốc và quần xã rừng tràm thích nghi cho các loài chim khác về kiếm ăn, sinh sống và làm tổ. Do vậy, Vườn Quốc gia Tràm Chim được bảo vệ nghiêm ngặt nhằm góp phần gìn giữ các loài chim quý này.
Để bảo vệ vùng đất ngập nước (còn gọi là khu Ramsar) có tầm quan trọng quốc tế, ông Nguyễn Thế Hanh, Phó Giám đốc Vườn Quốc gia Tràm Chim cho biết: Vườn bảo vệ nghiêm ngặt bằng nhiều hình thức, đặc biệt là phòng cháy, chữa cháy rừng vào mùa khô, cấm người vào khai thác, điều tiết nước hợp lý phục vụ cho việc bảo vệ môi trường, bảo vệ Vườn. Hiện nay, Vườn thực hiện theo phương châm 4 tại chỗ cho công tác phòng cháy chữa cháy rừng là: chỉ huy tại chỗ, lực lượng tại chỗ, phương tiện tại chỗ và hậu cần tại chỗ.
Hằng năm Vườn quốc gia Tràm Chim duy trì các hoạt động bảo tồn các loài chim như thống kê chim, bảo tồn Sếu, bão vệ bãi chim, bổ sung thức ăn cho chim sinh sản. Vườn đã cải tạo, phục hồi bãi ăn được 22 ha và ghi nhận 16 loài chim về sinh sống tại đây. Bãi chim sinh sản ở phân khu A2 được bổ sung thức ăn.
Tuy nhiên, theo thống kê qua các năm, diện tích và số lượng chim tại bãi chim sinh sản ở Vườn Quốc gia Tràm Chim giảm. Nguyên nhân là do mật độ tràm trong khu vực giảm (tràm chết do chim làm tổ), nguồn thức ăn giảm, xâm nhập trái phép và ảnh hưởng các yếu tố thời tiết cực đoan. Kết quả theo dõi biến động số lượng chim Sếu trong giai đoạn 2015-2019 cho thấy số lượng chim Sếu về Vườn Quốc gia Tràm Chim năm sau ít hơn năm trước (năm 2019 chỉ còn 11 cá thể). Sự biến động này là do ảnh hưởng các yếu tố thời tiết cực đoan, biến đổi khí hậu đã làm đàn Sếu đầu đỏ giảm dần. Môi trường sống thay đổi dẫn đến tập quán sinh hoạt của các loài chim cũng bị ảnh hưởng. Nguồn thức ăn của Sếu (là cỏ năng kim và củ năng kim) bị giảm đáng kể (từ 190 ha năm 2015 xuống còn khoảng 80 ha năm 2019). Tình trạng này là do việc giữ mực nước cao tại các phân khu để hạn chế cháy rừng đã làm cho cỏ năng kim bị ngập úng và không thể tạo củ. Bên cạnh đó, vùng đệm, vùng sinh thái lân cận bị thu hẹp cũng làm ảnh hưởng cho loài Sếu về sinh sống…
Vườn Quốc gia Tràm Chim hiện còn nhiều nhất là các loài chim nước sinh sống và làm tổ quanh năm như: Trích mồng đỏ, Cồng cộc, Le le, Diệc, Vịt trời… nhiều hơn hết vẫn là đàn Cò trắng, khiến rừng tràm này được xem là vườn cò lớn nhất hiện nay ở vùng Đồng Tháp Mười… Vào mùa nước, các loài thủy sinh, thủy sản phát triển, thảm thực vật cũng được phục hồi, trong đó có trên 800 ha lúa trời (lúa ma) được bảo tồn. Đây là điều kiện thích hợp để các loài chim về đây quần tụ kiếm ăn.
Hiện nay, Vườn Quốc gia Tràm Chim đặc biệt là bảo vệ tốt các loài chim quý hiếm để duy trì, tái tạo bảo tồn hệ sinh thái đất ngập nước tiêu biểu cho vùng Đồng Tháp Mười thu nhỏ, với các điều kiện được lưu giữ, bảo tồn các loài chim quý hiếm, bảo vệ hệ sinh thái đất ngập nước đặc trưng của vùng Đồng Tháp Mười, góp phần vào việc bảo tồn, phát triển bền vững của quốc gia, khu vực và của thế giới.
