Theo cáo trạng, từ năm 2007-2013, Nguyễn Thành Long cùng vợ là Trần Thị Ngọc Mai thành lập 4 công ty gồm: Công ty Tập đoàn Unet, Công ty Khoa học Unet, Công ty Cổ phần Media Lotus Việt Nam và Công ty Viễn thông Unet.
Tháng 8/2014, Công ty Tập đoàn Unet của vợ chồng Long - Mai có văn bản gửi UBND tỉnh Đồng Nai đề nghị triển khai Đề án thẻ thanh toán học phí cho học sinh, gọi tắt là Đề án SCC (School Cash Card - SCC). Sau đó, UBND tỉnh Đồng Nai đã chấp thuận về chủ trương cho Công ty Tập đoàn Unet thực hiện thí điểm Đề án SCC tại các cơ sở giáo dục trên địa bàn thành phố Biên Hòa. Mặc dù mới được chấp thuận về mặt chủ trương, song ngày 29/1/2015, Trần Thị Ngọc Mai với tư cách Chủ tịch Hội đồng Quản trị Công ty Khoa học Unet và Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Đồng Nai đã ký Bản thỏa thuận hợp tác đầu tư về việc triển khai Đề án SCC.
Điều đáng nói, trong Đề án SCC không có dự án nước uống trường học và ngày 15/10/2015, Trần Thị Ngọc Mai mới ký văn bản đề nghị UBND tỉnh Đồng Nai cho phép triển khai Dự án nước uống tinh khiết học đường nhưng không được phê duyệt.
Mặc dù Dự án nước uống học đường không được các cấp có thẩm quyền là UBND tỉnh và Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Đồng Nai phê duyệt, nhưng vợ chồng Mai - Long đã thông qua Công ty Khoa học Unet và Media Lotus do cả hai làm Chủ tịch Hội đồng Quản trị, người đại diện theo pháp luật để thực hiện nhiều hành vi gian dối nhằm chiếm đoạt tiền của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam (Agribank)- Chi nhánh Hoàn Kiếm.
Cụ thể, hai vợ chồng Mai - Long đã ký các tài liệu, giấy tờ thể hiện Dự án nước uống học đường được các cấp có thẩm quyền phê duyệt và Công ty Media Lotus là chủ đầu tư Dự án và làm hàng loạt "động tác giả" như ký kết các hợp đồng mua bán hàng hóa, hợp đồng thi công xây dựng, tư vấn thiết kế với nhiều đơn vị... rồi tìm đến Giám đốc Agribank - Chi nhánh Hoàn Kiếm để giao dịch.
Tuy nhiên, sau khi được ngân hàng giải ngân, hai vợ chồng Mai - Long không thực hiện các nghĩa vụ với các bên đã ký kết hợp đồng mà yêu cầu các đơn vị này thanh lý hợp đồng, chuyển trả lại số tiền mà ngân hàng đã giải ngân. Theo đó, vợ chồng Mai - Long đã chiếm đoạt của Agribank Chi nhánh Hoàn Kiếm hơn 4,4 tỷ đồng để sử dụng vào mục đích cá nhân, không liên quan đến Dự án nước uống học đường.
Quá trình thẩm vấn tại phiên tòa, đại diện Công ty Trách nhiệm hữu hạn Quốc tế GBS (bên bán máy lọc nước cho công ty của vợ chồng Mai – Long trong dự án "ma" nước uống học đường) đã xuất trình một số tài liệu, chứng từ liên quan thể hiện việc ngoài số tiền 1,9 tỷ đồng đặt cọc, GBS còn nộp thêm hơn 2 tỷ đồng nữa. Xét thấy đây là tình tiết mới phát sinh, không thể làm rõ ngay tại phiên tòa nên Hội đồng xét xử đã quyết định trả hồ sơ vụ án để tiến hành điều tra bổ sung.
