Hiện tại, Quỹ bình ổn giá xăng dầu này được quản lý thông qua tài khoản riêng của các thương nhân đầu mối và hình thành từ khoản trích trên mỗi lít xăng dầu.
Theo phương án mới, các thương nhân xăng dầu đầu mối đang hoạt động phải chốt số dư Quỹ đến hết ngày liền kề trước khi Nghị định có hiệu lực, sau đó chuyển toàn bộ số dư dương vào tài khoản Quỹ bình ổn giá xăng dầu do Bộ Tài chính mở tại Kho bạc Nhà nước. Doanh nghiệp đồng thời phải báo cáo số liệu chuyển nộp cho Bộ Tài chính và Bộ Công Thương.
Đối với các thương nhân đã bị thu hồi giấy phép, không còn là thương nhân đầu mối hoặc không tiếp tục kinh doanh xăng dầu, nếu vẫn còn số dư Quỹ chưa nộp đủ thì cũng phải chuyển toàn bộ phần còn thiếu vào tài khoản Quỹ do Bộ Tài chính mở. Đáng chú ý, dự thảo yêu cầu các thương nhân có số dư Quỹ dương hoặc âm phải thực hiện kiểm toán độc lập chuyên đề về Quỹ trong thời hạn tối đa 12 tháng kể từ ngày Nghị định có hiệu lực.
Với thương nhân có số dư dương, nếu kết quả kiểm toán cho thấy số dư thực tế cao hơn số liệu doanh nghiệp đã báo cáo, doanh nghiệp phải nộp phần chênh lệch vào tài khoản Quỹ tại Kho bạc Nhà nước. Ngược lại, nếu số dư theo kiểm toán thấp hơn số đã báo cáo, số dư được xác định theo số liệu doanh nghiệp đã báo cáo.
Đặc biệt, đối với trường hợp doanh nghiệp đã nộp dư vào Quỹ, phần tiền nộp thừa sẽ được Bộ Tài chính hoàn trả theo quy định. Ngoài ra, đối với thương nhân có số dư âm, việc xác định số dư cũng căn cứ trên kết quả kiểm toán và số liệu doanh nghiệp đã báo cáo theo nguyên tắc được quy định tại dự thảo. Trên cơ sở số liệu được xác định, Bộ Tài chính phối hợp với Bộ Công thương thực hiện hoàn trả số dư âm Quỹ cho doanh nghiệp.
Sau khi hoàn tất việc xử lý số dư Quỹ bình ổn giá xăng dầu, Bộ Tài chính sẽ bàn giao tài khoản Quỹ đã mở tại Kho bạc Nhà nước cho Bộ Công Thương.
Theo dự thảo mới, các thương nhân đầu mối đang hoạt động phải chốt số dư Quỹ đến hết ngày liền kề trước khi Nghị định có hiệu lực và chuyển toàn bộ số dư dương vào tài khoản Quỹ bình ổn giá xăng dầu do Bộ tài chính mở tại Kho bạc Nhà nước. doanh nghiệp đồng thời phải báo cáo số liệu chuyển nộp cho Bộ tài chính và Bộ Công Thương.
