Đơn cử, một doanh nghiệp trong ngành sữa phản ánh, đầu vào của họ gồm nhiều loại hàng hoá, dịch vụ thuộc diện chịu thuế 10%. Sản phẩm trung gian là sữa tươi thuộc diện không chịu thuế. Đầu ra cuối cùng là các sản phẩm đã qua chế biến, chịu thuế suất 10%. Nếu một doanh nghiệp thực hiện cả hai công đoạn, nuôi bò và chế biến sữa thì sẽ được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Tuy nhiên, khi chuyển sang hình thức tập đoàn kinh tế, doanh nghiệp này tách thành một công ty chuyên sản xuất sữa tươi nguyên liệu và một công ty chuyên chế biến sữa. Lúc này, công ty thứ nhất không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào vì sản phẩm đầu ra thuộc diện không chịu thuế. Công ty thứ hai có đầu vào là sữa tươi nên không được khấu trừ khi nộp thuế đầu ra. Hệ quả là, khi chuyển sang mô hình tập đoàn kinh tế, doanh nghiệp phải nộp thuế nhiều hơn.
VCCI cho rằng, đây không phải là vấn đề chỉ xuất hiện ở ngành sữa mà còn ở nhiều ngành khác có sản phẩm trung gian thuộc diện không chịu thuế. Trong những trường hợp như vậy, do không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào nên các doanh nghiệp sẽ giảm động lực tổ chức theo mô hình tập đoàn kinh tế. Trong khi đó, Nghị quyết số 10 năm 2017 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng nêu rõ quan điểm khuyến khích hình thành các tập đoàn kinh tế tư nhân. Mô hình tổ chức kinh doanh theo tập đoàn kinh tế (công ty mẹ - con), thay vì một công ty cùng lúc thực hiện nhiều công đoạn sản xuất, giúp giảm rủi ro và tăng tính linh hoạt, phù hợp hơn khi doanh nghiệp phát triển quy mô sản xuất kinh doanh lớn.
Để giải quyết vấn đề này, tại văn bản góp ý Dự thảo Luật Thuế Giá trị gia tăng (sửa đổi), VCCI đề nghị cơ quan soạn thảo nghiên cứu cơ chế cho phép các doanh nghiệp được tổ chức theo mô hình tập đoàn kinh tế được phép hạch toán tập trung cả tập đoàn, thay vì hạch toán riêng từng công ty con như hiện nay. Một cơ chế như vậy sẽ giúp các doanh nghiệp không phải nộp nhiều thuế hơn khi chuyển sang mô hình tập đoàn kinh tế
Đồng tình quan điểm, Chuyên gia Trần Kim Hào, Viện Nghiên cứu Quản lý Kinh tế Trung ương cho hay, việc hình thành, phát triển các tập đoàn kinh tế được Đảng và Nhà nước rất quan tâm, chủ yếu nhằm sử dụng lợi thế kinh tế quy mô và đẩy mạnh chuyên môn hóa, hợp tác hóa để nâng cao hiệu quả, sức cạnh tranh của các doanh nghiệp và nền kinh tế trong hội nhập. Bên cạnh mục tiêu này, các tập đoàn kinh tế còn được Nhà nước sử dụng với tư cách là công cụ hỗ trợ cân đối, điều chỉnh kinh tế vĩ mô, thực hiện cả vai trò kinh tế công ích và xã hội. Để đảm bảo cải thiện quản trị doanh nghiệp và minh bạch hóa thông tin trong tập đoàn, ngành thuế và các cơ quan quản lý Nhà nước cần tăng cường kiểm soát, đánh giá từ chủ sở hữu đối với công ty mẹ và toàn tập đoàn.
Công ty mẹ cần sử dụng kiểm soát tài chính như một công cụ để thực hiện quản lý vốn đầu tư và đánh giá hiệu quả vốn đầu tư của mình tại các doanh nghiệp thành viên. Bên cạnh đó, tăng cường các hoạt động đào tạo chuyên sâu, nâng cao trình độ quản trị cho đội ngũ cán bộ quản lý doanh nghiệp trong tập đoàn kinh tế cả ở công ty mẹ và các doanh nghiệp thành viên; xây dựng cơ chế thí điểm hỗ trợ doanh nghiệp sử dụng nhà quản trị giỏi. Cùng với đó, thiết lập hệ thống báo cáo; chế độ thông tin đa chiều (giữa công ty mẹ với các doanh nghiệp thành viên và giữa các doanh nghiệp thành viên với nhau); đầu tư chuẩn hóa và nâng cấp hệ thống hạ tầng kỹ thuật hỗ trợ thông tin, liên lạc.
Cũng cần có các quy định cụ thể yêu cầu công khai hóa và minh bạch hóa thông tin đối với các tập đoàn kinh tế theo Luật Doanh nghiệp, có thể áp dụng các quy định đối với các công ty niêm yết trên thị trường chứng khoán Việt Nam, thiết lập kỷ luật báo cáo của các tập đoàn, yêu cầu các doanh nghiệp hoạt động theo mô hình tập đoàn phải công bố công khai các thông tin về tài chính và hoạt động sản xuất kinh doanh, báo cáo tài chính hợp nhất 6 tháng và hàng năm có kiểm toán của tập đoàn và báo cáo tài chính của các công ty con, các giao dịch kinh doanh chủ yếu…
