Ngoài bị cáo Thái, 5 bị cáo khác đều là cựu lãnh đạo, nhân viên Nhà xuất bản Giáo dục gồm: Nguyễn Thị Thanh Thủy (cựu Trưởng Ban Kế hoạch Maketing) bị đề nghị từ 20 - 24 tháng tù; Đinh Quốc Khánh (Phó Trưởng Phòng in, Phát hành Nhà xuất bản Giáo dục Hà Nội) bị đề nghị 23 tháng 4 ngày tù; Phạm Gia Thạch (thành viên Hội đồng thành viên), Hoàng Lê Bách và Lê Hoàng Hải (đều là Phó Tổng Giám đốc) đều bị đề nghị 30 - 36 tháng tù nhưng cho hưởng án treo về cùng tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".
Hai bị cáo: Tô Mỹ Ngọc (cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Phùng Vĩnh Hưng, Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Giám đốc kinh doanh Công ty CP) bị đề nghị từ 5 - 6 năm tù và Nguyễn Trí Minh (Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Giấy Minh Cường Phát, gọi tắt là Công ty Minh Cường Phát) từ 30 - 36 tháng tù về cùng tội "Đưa hối lộ".
Bản luận tội nêu rõ, hành vi của các bị cáo là nguy hiểm, xâm phạm hoạt động đúng đắn của Nhà xuất bản Giáo dục (có 100% vốn Nhà nước), xâm phạm hoạt động quản lý của Nhà nước về đấu thầu, gây thiệt hại hơn 10 tỷ đồng.
Tuy nhiên, khi quyết định hình phạt, Viện Kiểm sát đã phân hóa vai trò, nhân thân tình tiết tăng nặng giảm nhẹ. Trong đó, bị cáo Nguyễn Đức Thái có vai trò chính, phạm tội nhiều lần cần có hình phạt cao hơn. Bị cáo nhận hối lộ nhiều lần, việc đưa nhận hối lộ có tính chất quy luật. Song, quá trình điều tra, bị cáo Thái đã tích cực hợp tác với cơ quan công an, thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, tự nguyện nộp lại 25 tỷ đồng. Quá trình công tác, bị cáo có nhiều thành tích, bằng khen, đã phối hợp với cơ quan điều tra làm rõ nhiều vụ án khác. Nhà xuất bản Giáo dục cũng đã có đơn xin giảm nhẹ cho bị cáo.
Đối với 2 bị cáo Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh, công tố viên xác định 2 bị cáo này đã thực hiện hành vi đưa hối lộ nhiều lần cho bị cáo Thái. Tuy nhiên, 2 bị cáo đều tích cực hợp tác với Cơ quan điều tra, thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải. Bị cáo Ngọc có nhiều thành tích trong sản xuất, kinh doanh, đang nuôi con nhỏ bị bệnh, bản thân bị cáo sức khỏe yếu, có bệnh.
Các bị cáo: Hoàng Lê Bách, Phạm Gia Thạch, Nguyễn Thị Thanh Thủy được đánh giá là đã thực hiện hành vi phạm tội với lỗi cố ý nhưng theo chỉ đạo của cấp trên. Đinh Quốc Khánh tích cực phối hợp với Cơ quan điều tra, nộp khắc phục một phần hậu quả…
Viện Kiểm sát nhận định, trong vụ án này, bị cáo Nguyễn Đức Thái đã chỉ đạo thực hiện đấu thầu giấy in sai quy định theo đề nghị của bị cáo Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh. Việc này đã dẫn đến Nhà xuất bản Giáo dục mua sắm giấy in theo phương thức chào hàng cạnh tranh rút gọn, trái quy định của Luật Đấu thầu. Bên cạnh đó, các bị cáo ở Nhà xuất bản Giáo dục còn tiết lộ thông tin trước khi phát hành hồ sơ yêu cầu, thông đồng và hợp thức hóa thủ tục đấu thầu để tạo điều kiện cho Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Công ty Minh Cường Phát được cung cấp giấy in.
Cụ thể, các bị cáo thuộc Nhà xuất bản Giáo dục đã thực hiện theo chỉ đạo của bị cáo Thái, thống nhất áp dụng hình thức chào hàng cạnh tranh rút gọn để lựa chọn nhà thầu cung cấp giấy in trái pháp luật. Nhóm này còn tham gia triển khai, tổ chức đấu thầu không đảm bảo tính công bằng, công khai, minh bạch, vi phạm Luật Đấu thầu và quy định khác. Ngoài ra, Nguyễn Thị Thanh Thủy, Định Quốc Khánh còn tiết lộ thông tin về hồ sơ yêu cầu, thông thầu, hợp thức hồ sơ dự thầu trái quy định để giúp Công ty Minh Cường Phát, Công ty Phùng Vĩnh Hưng trúng các gói thầu trái quy định.
Công tố viên kết luận, quá trình thực hiện các gói thầu, Nguyễn Đức Thái đã nhận hối lộ của hai nhà thầu Phùng Vĩnh Hưng và Minh Cường Phát, với tổng số tiền gần 25 tỷ đồng.
Sau khi đại diện Viện Kiểm sát trình bày bản luận tội và đề nghị mức án đối với các bị cáo, các luật sư, bị cáo đã đưa ra nhiều luận điểm, phân tích các tình tiết có liên quan nhằm giảm nhẹ mức độ, hậu quả hành vi vi phạm của các bị cáo.
