Cơ quan điều tra xác định chủ mưu trong vụ án là bị can Lê Tấn Hùng. Với vai trò là Chủ tịch Hội đồng thành viên, Tổng Giám đốc Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn đã lợi dụng chức vụ, bị can Hùng đã chỉ đạo Nguyễn Thị Thủy (Kế toán trưởng) và Nguyễn Thị Tuyết Mai (Trưởng phòng Nhân sự hành chính) bàn bạc, thống nhất với Trần Văn Trường (Giám đốc) và Đỗ Sĩ Hoài Thanh (Kế toán trưởng Công ty cổ phần du lịch Thanh niên xung phong; Đoàn Quang Hồi (Giám đốc) và Nguyễn Thị Nguyên (Kế toán trưởng Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại dịch vụ lữ hành Hòa Bình quốc tế) lập 10 hồ sơ khống cho cán bộ, công nhân viên Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn đi tham quan, học tập kinh nghiệm ở 16 nước để chiếm đoạt hơn 14 tỷ đồng.
Trong giai đoạn giữ chức vụ Tổng giám đốc Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn, Lê Tấn Hùng biết việc chuyển nhượng "Dự án khu nhà ở tại Khu phố 4, phường Phước Long B, Quận 9" chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính đối với Nhà nước, chưa đủ điều kiện để chuyển nhượng, chưa có phương án, kế hoạch thoái vốn tại dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Tuy nhiên, bị can Hùng vẫn chỉ đạo cán bộ cấp dưới hoàn thiện các thủ tục và ký văn bản đề nghị Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh chấp thuận chuyển nhượng, ký hợp đồng và phụ lục hợp đồng chuyển nhượng toàn bộ dự án cho Tổng công ty cổ phần Phong Phú với tổng số tiền hơn 168 tỷ đồng trái quy định của pháp luật, gây thiệt hại cho Nhà nước hàng trăm tỷ đồng.
Trong vụ án này, Cơ quan điều tra xác định, bị can Trần Vĩnh Tuyến, nguyên Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh biết việc chuyển nhượng "Dự án khu nhà ở tại Khu phố 4 phường Phước Long B, Quận 9" phải thực hiện đúng quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng vốn Nhà nước đầu tư vào sản xuất, kinh doanh tại doanh nghiệp; phải tiến hành thẩm định giá, xác định giá trị chuyển nhượng theo giá thị trường và các quy định pháp luật khác có liên quan. Dự án mới chỉ xây dựng được 80% công trình hạ tầng kỹ thuật, chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính đối với Nhà nước, chưa đủ điều kiện để chuyển nhượng, chưa có phương án, kế hoạch thoái vốn tại dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt nhưng vẫn ký ban hành Quyết định số 6077/QĐ-UBND ngày 17/11/2017 chấp thuận chuyển nhượng dự án do Tổng công ty Nông nghiệp Sài Gòn làm chủ đầu tư.
Quyết định chấp thuận chuyển nhượng dự án không theo mẫu, thiếu các mục "tổng mức đầu tư ”, “nguồn vốn đầu tư", "tiến độ thực hiện dự án", gia hạn tiến độ thực hiện dự án đến Quý I/2019 không đúng trình tự, thủ tục. Việc này tạo điều kiện để Lê Tấn Hùng và các đồng phạm làm thủ tục chuyển nhượng dự án trái quy định của pháp luật, gây thiệt hại cho Nhà nước.
Đáng chú ý, Cơ quan điều tra kết luận, bị can Trần Vĩnh Tuyến phạm tội có một phần do nể nang bị can Lê Tấn Hùng là em trai của nguyên Bí thư Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh Lê Thanh Hải.
