Theo Cơ quan điều tra, bà Hoàng Trọng Anh Chi (sinh năm 1982, sống tại Quận 3) ký hợp đồng bán căn nhà 29 Nguyễn Bỉnh Khiêm cho bà Hoàng Thị Thu Thảo (sinh năm 1983, sống tại quận Bình Thạnh) với giá 25 tỷ đồng vào ngày 10/10/2017, thanh toán trong 4 đợt. Tình trạng căn nhà được xây dựng 80% chưa hoàn công, dự kiến hoàn công khoảng tháng 12/2017.
Theo thỏa thuận, bà Chi sẽ giao nhà đang xây dựng để bà Thảo tiếp quản, thực hiện quản lý thi công sau khi nhận tiền cọc đợt 1. Từ đầu tháng 1/2017, bà Thảo đã thanh toán cho bà Chi 7 tỷ đồng tiền cọc, kèm theo một số chi phí khác khoảng 1,2 tỷ đồng. Sau đó, bà Chi đã bàn giao nhà cho bà Thảo giám sát.
Đến tháng 4/2018, công trình chưa hoàn công và thủ tục chuyển nhượng căn nhà chưa được thực hiện. Bà Thảo yêu cầu bà Chi trả lại tiền cọc và chi phí phát sinh nhưng không được đồng ý. Ngày 13/4/2018, bà Thảo khởi kiện vụ việc ra Tòa án nhân dân Quận 1. Thời điểm này, bà Thảo đang tiếp tục thi công hoàn thiện căn nhà. Đến tháng 3/2019, bà Thảo đưa bốn con nhỏ đến căn nhà này sinh sống.
Chiều 19/9/2019, khi bà Thảo đang ở Đà Lạt, ông Lâm Hoàng Tùng (là người được bà Chi ủy quyền giải quyết các tranh chấp liên quan đến nhà số 29 Nguyễn Bỉnh Khiêm) cùng nhiều người khác xông vào nhà dùng vũ lực gây sức ép, buộc những người trong nhà phải ra khỏi nhà rồi chiếm giữ nhà đến ngày 28/9/2019. Sau đó, trên mạng xã hội xuất hiện clip ghi lại sự việc nhóm các ông Lâm Hoàng Tùng, Nguyễn Hải Nam (bạn ông Tùng) tranh chấp tại căn nhà 29 Nguyễn Bỉnh Khiêm.
Bà Thảo đã gửi đơn đến công an yêu cầu xử lý ông Nguyễn Hải Nam, Lâm Hoàng Tùng về hành vi bắt cóc các cháu nhỏ và chiếm giữ căn nhà đang tranh chấp. Ngày 1/10/2019, Công an Quận 1 khởi tố bị can và bắt tạm giam hai đối tượng Nguyễn Hải Nam, Lâm Hoàng Tùng. Sau đó, Công an Quận 1 chuyển hồ sơ vụ án lên Công an Thành phố Hồ Chí Minh điều tra theo thẩm quyền và đến nay đã hoàn tất kết luận điều tra.
Ngoài ra, liên quan đến việc tranh chấp căn nhà 29 Nguyễn Bỉnh Khiêm, Tòa án nhân dân Quận 1 cũng đã chuyển hồ sơ lên Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh thụ lý giải quyết.
