Trong đó, cơ quan Công an đề nghị truy tố cựu Thứ trưởng Bộ Công Thương Hoàng Quốc Vượng về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Cùng tội danh trên, Phương Hoàng Kim (cựu Cục trưởng Cục Điện lực và Năng lượng tái tạo); Nguyễn Danh Sơn (cựu Phó Trưởng phòng Phòng cấp phép và Quan hệ công chúng, Cục Điều tiết Điện lực Trần Quốc Hùng; cựu Giám đốc Công ty Mua bán điện của Tập đoàn Điện lực Việt Nam) và 5 người khác bị đề nghị truy tố.
Trước đó, tháng 5/2024, Cơ quan điều tra đã ban hành bản kết luận điều tra vụ án nhưng tháng 7/2024, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao có quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Quá trình điều tra bổ sung, cơ quan điều tra khởi tố thêm 3 bị can ở Cục Thuế tỉnh Bình Phước gồm: Nguyễn Duy Khánh (cựu Phó Cục trưởng), Trần Văn Định (cựu Trưởng Phòng tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế) và Phạm Quang Vinh (cựu Phó trưởng Phòng thanh tra - kiểm tra 1) về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Theo kết quả điều tra, cựu Thứ trưởng Bộ Công Thương Hoàng Quốc Vượng và bị can Phương Hoàng Kim - cựu Cục trưởng Cục Điện lực và năng lượng tái tạo (Bộ Công Thương) đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ trong việc Bộ Công Thương tham mưu cho Thủ tướng Chính phủ thực hiện quy định về diện đối tượng và điều kiện được hưởng chính sách giá điện ưu đãi. Hành vi phạm tội của hai bị can gây thiệt hại cho Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) số tiền 937 tỉ đồng.
Bảy bị can còn lại có hành vi sai phạm khi Cục Điều tiết điện lực (Bộ Công Thương) cấp giấy phép hoạt động điện lực, Công ty Mua bán điện công nhận ngày vận hành thương mại, Cục Thuế tỉnh Bình Phước hoàn thuế giá trị gia tăng cho Công ty Cổ phần năng lượng Lộc Ninh 3 (Công ty Lộc Ninh 3).
Về nhóm 3 cá nhân bị khởi tố thêm khi điều tra bổ sung, cơ quan điều tra làm rõ hành vi thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng trong hoàn thuế cho Công ty Lộc Ninh 3.
Theo kết luận điều tra, từ tháng 10-12/2020, Công ty Lộc Ninh 3 hoàn thành đầu tư xây dựng và vận hành thương mại Nhà máy điện mặt trời Lộc Ninh 3 tại xã Lộc Tấn, huyện Lộc Ninh, Bình Phước trên diện tích 149,5 ha đất sản xuất thuộc quyền sử dụng của Công ty TNHH một thành viên Cao su Lộc Ninh. Tuy nhiên, cơ quan thẩm quyền chưa có quyết định thu hồi đất, giao đất, cho thuê đất và chuyển mục đích sử dụng đất rừng sản xuất sang đất công trình năng lượng. Công ty này không được cấp phép xây dựng, không có quyết định chủ trương đầu tư.
Theo kết luận điều tra, dự án trên thuộc trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng, mà phải kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo. Tuy nhiên, tháng 4/2021, Công ty Lộc Ninh 3 vẫn đề nghị hoàn thuế số tiền 145 tỉ đồng.
Nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế, cựu Phó Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Bình Phước Nguyễn Duy Khánh ký thông báo chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế sau. Hồ sơ hoàn thuế được bị can Phan Văn Sang kiểm tra, sau đó bị can Trần Văn Định phê duyệt phiếu đề xuất hoàn thuế và bị can Phạm Quang Vinh ký văn bản thẩm định xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế. Đến tháng 7/2021, bị can Khánh ký quyết định hoàn thuế và Công ty Lộc Ninh 3 nhận được số tiền này, gây thiệt hại ngân sách nhà nước 145 tỉ đồng.
