Theo Kết luận điều tra, bị can Trần Quí Thanh cùng hai con gái và một số người đã lợi dụng quy định về cho vay, lấy lãi suất 3% một tháng - dưới mức cấu thành tội phạm về cho vay lãi nặng. Khi cho vay, Trần Quí Thanh không làm hợp đồng vay tiền có cầm cố tài sản mà buộc các doanh nghiệp, cá nhân phải làm hợp đồng chuyển nhượng dự án, cổ phần trong dự án. Giá trị của các dự án, bất động sản trong hợp đồng có giá trị thấp hơn nhiều lần so với thực tế.
Theo Cơ quan điều tra, khi bên vay làm thủ tục chuyển nhượng tài sản cho bên Tân Hiệp Phát, ông Thanh chỉ đạo hai con gái làm thủ tục sang tên cho mình để nắm quyền kiểm soát, định đoạt tài sản. Mặc dù bên vay đã thực hiện nghĩa vụ trả đầy đủ gốc và nợ lãi theo thỏa thuận nhưng ông Thanh vẫn dùng các thủ đoạn gian dối hoặc tạo ra các lý do để cố tình không trả lại tài sản và chiếm đoạt tài sản.
Bằng thủ đoạn trên, từ tháng 1/2019 đến 11/2020, ba cha con Chủ tịch Tập đoàn Tân Hiệp Phát đã chiếm đoạt tài sản, dự án, thửa đất của một số cá nhân.
So với Kết luận điều tra hồi tháng 10/2023, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an giữ nguyên quan điểm truy tố 3 bị can, song số tiền chiếm đoạt được xác định đã tăng từ 767 tỷ đồng lên 1.048 tỷ đồng.
Trước đó, Bộ Công an giao Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C01) tiến hành điều tra, xác minh, giải quyết nội dung đơn của một số công dân trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh và tỉnh Đồng Nai tố cáo ông Trần Quí Thanh cùng các con gái Trần Uyên Phương, Trần Ngọc Bích và một số cá nhân khác đã thực hiện hành vi "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản", "Trốn thuế", "Cưỡng đoạt tài sản" là các dự án, bất động sản có giá trị đặc biệt lớn tại tỉnh Đồng Nai và Thành phố Hồ Chí Minh từ tháng 11/2020.
Ngày 10/4/2023, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố bị can đối với Trần Quí Thanh, Trần Uyên Phương, Trần Ngọc Bích thuộc Công ty Trách nhiệm hữu hạn thương mại và dịch vụ Tân Hiệp Phát. Cơ quan điều tra cho biết, quá trình điều tra có đủ căn cứ xác định hành vi của ông Trần Quí Thanh cùng các con gái Trần Uyên Phương, Trần Ngọc Bích đủ yếu tố cấu thành tội "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản".
