Tại bản kết luận điều tra bổ sung lần một (ngày 22/7/2021), Cơ quan Cảnh sát điều tra (Bộ Công an) đề nghị truy tố 7 bị can. Tại bản kết luận điều tra bổ sung lần hai (ngày 4/10/2021), C03 đề nghị truy tố 17 bị can.
Tại bản kết luận điều tra bổ sung lần hai, C03 đã chuyển hồ sơ sang Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, giữ nguyên quan điểm đề nghị truy tố các bị can: Trần Ngọc Hà (nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên, nguyên Tổng Giám đốc VEAM); Lâm Chí Quang (nguyên Tổng Giám đốc VEAM); Vũ Quang Tâm và Vũ Từ Công (đều là nguyên Phó Tổng Giám đốc VEAM; Nguyễn Mạnh Chung (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Máy kéo nông nghiệp);…
Đồng thời, C03 đề nghị truy tố thêm các bị can gồm: Nguyễn Văn Khôi (thành viên Hội đồng thành viên, nguyên Trưởng ban Ban Kiểm soát VEAM); Ngô Văn Tuyển (nguyên Phó Tổng Giám đốc, thành viên Hội đồng quản trị VEAM); Bùi Quốc Việt (nguyên Trưởng phòng Phòng Thị trường kinh doanh VEAM); Ngô Văn Thịu (Phó Trưởng phòng Phòng Thị trường kinh doanh VEAM); Nguyễn Thị Thu Hương (nguyên Giám đốc VETRANCO); Trần Thanh Thủy (nguyên Trưởng phòng Phòng kế toán VETRANCO); Nguyễn Minh Tùng (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Cổ phần Thương mại và Đầu tư Bách Việt); Lương Xuân Trường (Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Thép Minh Quang); Trần Anh Sơn (nguyên Kế toán Trưởng, phụ trách quản trị VEAM); Hoàng Văn Lẫm (nguyên Phó phòng Phòng Tài chính kế toán VEAM).
Theo kết luận, Tổng Công ty Máy động lực và Máy nông nghiệp Việt Nam hoạt động theo mô hình tổng công ty nhà nước. Năm 2010, VEAM chuyển sang hình thức công ty mẹ - con theo quyết định của Bộ Công Thương, với 25 công ty con và đơn vị thành viên. Năm 2017, VEAM hoạt động theo mô hình công ty cổ phần với vốn điều lệ 13.288 tỷ đồng, trong đó vốn Nhà nước chiếm hơn 88%. Công ty Cổ phần Vận tải và Thương mại (VETRANCO) là công ty con của VEAM. Trong hơn 12,5 tỷ đồng vốn điều lệ ở công ty này, VEAM chiếm 51%.
Trong giai đoạn 2011 - 2014, ông Trần Ngọc Hà giữ chức vụ Chủ tịch Hội đồng thành viên, từ 2015 - 2019 giữ chức vụ Tổng Giám đốc VEAM, là người giữ vai trò chính, quyết định các công việc điều hành của VEAM. Tuy nhiên, ông Hà đã thực hiện không đúng các quyền và nghĩa vụ được giao, buông lỏng quản lý, quyết định những chủ trương, chiến lược hoạt động của VEAM không đúng các quy định pháp luật, gây thất thoát tài sản nhà nước.
Từ năm 2007 đến 2013, Tổng Giám đốc VEAM qua các thời kỳ đã có 7 lần bảo lãnh cho VETRANCO vay tiền tại các ngân hàng, ký hợp đồng thương mại và cho VETRANCO vay tiền theo hạn mức trái quy định để ký các hợp đồng kinh doanh mua bán hàng hóa. Từ đó VETRANCO mang hồ sơ đi vay tiền tại các ngân hàng.
Theo kết luận, tổng giá trị bảo lãnh được tính tại các văn bản là 193 tỷ đồng. Việc bảo lãnh cho công ty con vay ngân hàng trái quy định của VEAM đã gây thiệt hại hơn 75 tỷ đồng. Cơ quan điều tra xác định, bị can Trần Ngọc Hà với tư cách là Chủ tịch Hội đồng thành viên buộc phải biết về việc VEAM bảo lãnh cho VETRANCO vay ngân hàng trái quy định, tuy nhiên, ông Hà vẫn để hai thuộc cấp là Lâm Chí Quang và Vũ Từ Công thực hiện hành hành vi sai phạm, gây thiệt hại cho Nhà nước. Lãnh đạo của VEAM còn bị cáo buộc phê duyệt dự án đầu tư sản xuất máy kéo 4 bánh hạng trung và ký một số hợp đồng khác có nhiều sai phạm gây thất thoát hơn 56 tỷ đồng; quyết định chủ trương đầu tư số tiền 400.000 USD để phát triển sản phẩm mới không đúng quy định pháp luật gây thiệt hại gần 10 tỷ đồng.
