Trong đó, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, 7 loại thuốc mang nhãn mác Health 2000 trong vụ án này là thuốc không rõ nguồn gốc, xuất xứ và giả nhãn mác Health 2000.
Trước quan điểm bào chữa của nhiều luật sư cho rằng Công ty VN Pharma chỉ buôn bán hàng giả xuất xứ, không ảnh hưởng đến người bệnh và chất lượng thuốc, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định: "Health 2000 không sản xuất thuốc, Công ty Helix của Raymundo cũng không sản xuất thuốc nhưng lại có thuốc của hai công ty này". Do đó, công tố viên kết luận 7 loại thuốc trong vụ án này là thuốc không rõ nguồn gốc và giả nhãn mác Health 2000. Những loại thuốc này đều không thu được mẫu nên không giám định được về chất lượng.
Bào chữa cho bị cáo Nguyễn Minh Hùng (nguyên Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma), luật sư Nguyễn Đình Hưng cho rằng, bị cáo Hùng và các bị cáo khác tại doanh nghiệp này ở trong thế "rơi vào ma trận" của Nguyễn Lê Xuân Khang (đã bỏ trốn) cùng cháu trai là bị cáo Võ Minh Hùng và đối tác người Philippines Raymundo (tài liệu điều tra cho thấy năm 2009-2012, người này 13 lần nhập cảnh Việt Nam, do chưa có kết quả tương trợ tư pháp nên chưa đủ căn cứ xử lý).
Theo luật sư Hưng, ba người này chủ động tiếp cận Công ty VN Pharma và đưa ra các giấy tờ con dấu giả trong hồ sơ nhập thuốc. Hùng cùng nhân viên "không ý thức được đây là giả" vì chính cán bộ Cục Quản lý Dược cũng không thể phát hiện ra. "Các giấy tờ này chỉ được phát hiện là giả khi Cơ quan điều tra khởi tố và áp dụng các biện pháp khoa học pháp lý", luật sư Hưng suy luận.
Theo cáo trạng, bị cáo Nguyễn Minh Hùng bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao cáo buộc cấu kết với bị cáo Võ Mạnh Cường chỉ đạo nhân viên dưới quyền làm giả 15 hợp đồng mua bán và 26 phụ lục hợp đồng, nâng khống giá thuốc, làm giả chứng từ thay đổi nguồn gốc xuất xứ thuốc, hợp thức chứng từ thanh toán để thông quan, nhập khẩu các thuốc, thu lợi bất chính 31,5 tỷ đồng.
Đối với bị cáo Phạm Hồng Châu (nguyên Trưởng phòng Đăng ký thuốc, Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế), đại diện Viện Kiểm sát xác định bị cáo Châu có động cơ vụ lợi rõ ràng trong việc ưu tiên cho 2 thuốc H2K Levofloxacin và H2K Ciprofloxacin được thẩm định sớm. Việc thẩm định sớm tức là để nhanh chóng cấp số đăng ký.
Đại diện Viện Kiểm sát dẫn lời khai của bị cáo Nguyễn Minh Hùng tại phiên tòa và cho rằng bản chất việc xin sớm được cấp số đăng ký là nhằm tạo điều kiện phục vụ cho hoạt động kinh doanh của Công ty Vimedimex. Hai lại thuốc này không phải là thuốc đặc biệt hiếm, không phải thuốc đặc trị và cũng không có thiên tai, dịch bệnh tại thời điểm đó.
Mặt khác, tại phiên tòa, hai nhân chứng là ông Nguyễn Ngọc Anh và bà Vũ Bạch Dương (nhân viên văn phòng Cục Quản lý Dược) đều khai họ đưa hồ sơ hai thuốc trên cho các chuyên gia thẩm định sớm là thực hiện ý kiến chỉ đạo của bị cáo Phạm Hồng Châu. Như vậy, lời khai của bà Dương, ông Ngọc Anh phù hợp với nhau, phù hợp với công văn có bút phê và thực tế hồ sơ 2 thuốc được thẩm định sớm trước gần 1.000 hồ sơ khác mà không có lý do chính đáng.
Cáo trạng xác định, bị cáo Phạm Hồng Châu biết rõ các quy định của pháp luật về hợp pháp hóa lãnh sự, các quy định khác tại Công văn 5249 đối với tài liệu pháp lý trong hồ sơ thuốc nhưng đã cố ý kết luận biên bản cho bổ sung hồ sơ, sau đó đề nghị cấp số đăng ký cho 5 thuốc: Extrafovir, Kaderox-250, Kafotax-1000, MGP Axinex-1000, MGP Mosinase-625 trong khi hồ sơ không đủ điều kiện cấp theo quy định của pháp luật. Bị cáo Châu cũng tạo điều kiện cho Công ty Vimedimex sớm được cấp số đăng ký cho 2 thuốc H2K Levofloxacin và H2K Ciprofloxacin. Cụ thể, bị cáo đã chỉ đạo đưa hồ sơ ra thẩm định sớm, kết luận biên bản cho bổ sung hồ sơ, sau đó đề nghị cấp số đăng ký cho 2 thuốc trên trái quy định của pháp luật. Các sai phạm này của bị cáo Phạm Hồng Châu dẫn đến hậu quả 6/7 loại thuốc giả nhãn mác Health 2000 được nhập khẩu, lưu hành tại Việt Nam, với tổng trị giá hơn 148 tỷ đồng.
