Thẩm phán liên bang Martin Bava - người được giao nhiệm vụ điều tra vụ việc trên - cho biết vụ theo dõi do Cơ quan Tình báo Liên bang (AFI) thực hiện không phải là một hành động vượt quá thẩm quyền, mà là do sự chỉ đạo từ cấp cao nhất trong cơ quan hành pháp.
Ông cũng nhấn mạnh vụ việc này là không thể chấp nhận được và cần đưa ra trước công lý và bị trừng trị để bảo đảm rằng những hành động tương tự sẽ không tái diễn.
Ngày 20/11/2017, cựu Tổng thống Macri lần đầu tiên gặp gỡ gia đình các nạn nhân trong vụ nổ tàu ngầm San Juan và kể từ thời điểm đó, hoạt động giám sát bí mật những người này đã được triển khai. Thẩm phán Bava khẳng định hoạt động theo dõi vừa đề cập không có giấy phép của tòa án, cũng không thể biện minh cho nhiệm vụ liên quan đến an ninh nội địa hoặc quốc phòng.
Cuối năm 2020, một tòa án liên bang ở thành phố Mar del Plata cũng đã truy tố cựu Giám đốc AFI Gustavo Arribas và Phó Giám đốc cơ quan này Silvia Majdalani.
Theo cáo buộc, AFI đã triển khai 6 cơ sở giám sát tại các điểm trung tâm khu vực vành đai thủ đô Buenos Aires để theo dõi toàn bộ gia đình của 44 thủy thủ tử nạn trong vụ đắm tàu ngầm.
