Trước đó, khoảng 0 giờ ngày 6/9, khi quay vào bờ tránh bão số 3, tàu cá mang số hiệu NA-70219-TS của anh Nguyễn Văn Thịnh, ngụ phường Nghi Thủy, thị xã Cửa Lò (Nghệ An) không may gặp dông lốc, sóng lớn, bị đánh vào đá ngầm khiến tàu bị chìm. Lúc này trên tàu có 3 ngư dân, rất may vị trí tàu bị chìm chỉ cách bờ khoảng 2 hải lý nên các ngư dân bơi được vào bờ an toàn.
Tiếp nhận thông tin, Đồn Biên phòng cửa khẩu Cảng Cửa Lò - Bến Thủy cùng nhân dân địa phương tổ chức cứu nạn, cứu hộ. Đến 16 giờ cùng ngày, tàu cá được lai dắt về bến cá Nghi Tân, thị xã Cửa Lò an toàn.
Sáng cùng ngày, Đoàn công tác Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng Nghệ An đã đi kiểm tra, chỉ đạo công tác ứng phó tại các đơn vị địa phương ven biển của tỉnh.
Để đảm bảo an toàn, sẵn sàng ứng phó bão số 3, Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng Nghệ An yêu cầu, các đơn vị duy trì nghiêm chế độ trực, sẵn sàng lực lượng, phương tiện tham gia xử lý tình huống xảy ra. Tập trung nắm chắc diễn biến, hướng di chuyển của bão, tổ chức trực 24/24 giờ.
Các đơn vị phối hợp chính quyền, dân quân các phường, xã ven biển triển khai lực lượng, phương tiện tổ chức tuần tra, kiểm soát, kết hợp tuyên truyền ngư dân chấp hành nghiêm quy định phòng, chống lụt bão, tham gia giúp bà con chằng chống, di chuyển, sắp xếp phương tiện, lồng bè đến vị trí an toàn.
Đồng thời, rà soát, kiểm tra, bổ sung phương án và kế hoạch ứng phó sự cố thiên tai và tìm kiếm cứu nạn phù hợp thực tế địa bàn đơn vị phụ trách; chủ động hiệp đồng chặt chẽ với các lực lượng liên quan, phát huy tốt phương châm “bốn tại chỗ”, ứng phó kịp thời, hiệu quả tình huống thiên tai, tai nạn và tìm kiếm cứu nạn do bão số 3 gây ra.
Để chủ động ứng phó với diễn biến của bão số 3, tối 5/9, Nhà máy thủy điện Bản Vẽ, huyện Tương Dương điều tiết xả nước, cắt giảm lũ cho hạ du với lưu lượng nước xả qua tràn từ 400m3/s đến dưới 1.000m3/s.
Chiều 6/9, Thủy điện Chi Khê, huyện Con Cuông tiến hành xả qua các cửa van đập tràn và lưu lượng phát điện qua các tổ máy từ 506 m3/s đến 1.000 m3/s. Trước đó, các đơn vị đã có công văn gửi thông báo cho các địa phương vùng hạ du và đơn vị liên quan để phối hợp.
