Cục Hải quan kế thừa chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Tổng cục Hải quan trước đây. Cụ thể: Tổ chức lại 16 Vụ, Cục và đơn vị tương đương thuộc cơ quan Tổng cục Hải quan thành 12 đơn vị thuộc cơ quan Cục Hải quan có tên như sau: Văn phòng, Ban Pháp chế, Ban Tổ chức cán bộ, Ban Thanh tra - Kiểm tra, Ban Tài vụ - Quản trị, Ban Giám sát quản lý về hải quan, Ban Nghiệp vụ thuế hải quan, Ban Quản lý rủi ro, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu và Chi cục Kiểm tra sau thông quan.
Vị trí, chức năng của các đơn vị cơ bản giữ nguyên như hiện nay. Các Ban thuộc Cục Hải quan có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng Cục Hải quan thực hiện nhiệm vụ.
Các đơn vị có tư cách pháp nhân, con dấu, tài khoản tại Kho bạc Nhà nước gồm: Văn phòng, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu và Chi cục Kiểm tra sau thông quan.
Mô hình mới đã tổ chức lại 35 Cục Hải quan tỉnh, thành phố trước kia trờ thành 20 Chi cục Hải quan khu vực. Chi cục Hải quan khu vực trực thuộc Cục Hải quan, có chức năng giúp Cục trưởng Cục Hải quan quản lý nhà nước về hải quan và tổ chức thực thi pháp luật về hải quan, các quy định khác của pháp luật có liên quan trên địa bàn hoạt động của Chi cục Hải quan khu vực theo quy định.
Chi cục Hải quan khu vực có tư cách pháp nhân, con dấu, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật. Chi cục Hải quan khu vực có bình quân không quá 8 đơn vị Văn phòng, Phòng, Đội trên mỗi Chi cục Hải quan khu vực.
Vị trí, chức năng của Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu kế thừa vị trí, chức năng của Chi cục Hải quan hiện nay. Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu có tư cách pháp nhân, con dấu, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định pháp luật. Tổng số Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu không quá 165 đơn vị. Sau khi sắp xếp, tổ chức lại Tổng cục Hải quan thành Cục Hải quan, dự kiến giảm khoảng 485/902 đầu mối, tương ứng 53,77%.
Trên cơ sở quy định của Chính phủ và Bộ Tài chính, Cục Hải quan đang khẩn trương hoàn thiện, trình cấp có thẩm quyền ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan Hải quan các cấp thuộc cơ cấu tổ chức của Cục Hải quan.
Trong thời gian này, thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh vẫn thực hiện theo các mã, địa điểm làm thủ tục hải quan đã được công bố trước đây (nay là Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu) và theo quy định tại Luật Hải quan và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan để đảm bảo không ngắt quãng công việc, thông quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bình thường.
