Năm 2016, Công Phượng được Hoàng Anh Gia Lai (HAGL) đem cho Mito HollyHock mượn với thời hạn 1 năm. Thời điểm đó, Mito HollyHock đang thi đấu tại J-League 2. Mặc dù là nhân tố quan trọng của HAGL cũng như đội tuyển Việt Nam nhưng Công Phượng đã không có nhiều cơ hội để thể hiện mình trong màu áo Mito HollyHock.
Trong 10 trận đấu đầu tiên tại J-League 2, Mito HollyHock đã không đăng ký thi đấu cho Công Phượng. Tới trận thứ 11, cầu thủ người Việt Nam được vào sân từ băng ghế dự bị và thi đấu vỏn vẹn 3 phút trước Giravanz Kitakyushu. Sau đó, Công Phượng ngồi dự bị 3 trận liên tiếp rồi không được đăng ký thi đấu 3 trận liên tiếp. Tới trận gặp Yamaguchi, Công Phượng được vào sân 11 phút cuối trận.
Xuyên suốt 42 trận đấu tại J-League 2 năm 2016, Công Phượng được đăng ký thi đấu 22 trận. Anh chỉ ra sân vỏn vẹn 5 lần tại J-League 2, gồm 1 lần đá chính và 4 lần vào sân từ ghế dự bị. Trận đá chính duy nhất của Công Phượng diễn ra vào ngày 31/7 khi Mito HollyHock gặp Kanazawa.
Ngoài ra, Công Phượng còn có 2 lần ra sân tại Emperor's Cup. Cầu thủ người Việt Nam được đá chính cả 2 trận. Trong 1 năm gắn bó với CLB của Nhật Bản, Công Phượng ra sân được 197 phút. Anh không ghi bàn hay kiến tạo lần nào. Nhìn chung, khoảng thời gian của Công Phượng tại Nhật Bản năm 2016 rất mờ nhạt.
Ngoài Mito HollyHock, Công Phượng còn từng thi đấu theo dạng cho mượn tại Incheon United (Hàn Quốc) và Sint-Truiden (Bỉ). Màn trình diễn của cầu thủ gốc Nghệ An cũng không có nhiều dấu ấn nổi bật.
Tại Hàn Quốc, Công Phượng có nhiều thời gian thi đấu nhất. Anh ra sân thi đấu 9 lần (8 lần tại K-League 1) với tổng thời gian thi đấu là 401 phút. Tại Bỉ, Công Phượng chỉ ra sân đúng 1 trận duy nhất (20 phút) ở giải Jupiler Pro League cho Sint-Truiden. Trong cả 3 lần được đem mượn, Công Phượng không ghi được bất kỳ bàn thắng nào.
